que je cherchais dans le wiki comment convertir les informations suivantes sur les perles, les coordonnées cartésiennes + énergie:Dessiner une sphère de couleur à partir des coordonnées cartésiennes dans pymol
23,4 54,6 12,3 -123,5 54,5 23,1 9,45 -56,7 .... ...
à un tirage dans pymol qui contient pour chaque atome une sphère de rayon R, centrée sur ses coordonnées, et avec la couleur, dans un gradient arc-en-ciel.
Merci
Est-ce que ce que vous avez rendu en fait rien à voir avec la structure moléculaire (à savoir quelle est la motivation pour l'utilisation PyMol)? Si vous dessinez une structure moléculaire, je vous recommande de sortir un fichier PDB personnalisé avec les coordonnées de la sphère (vous pouvez utiliser le champ facteur B par ligne ATOM pour contrôler la coloration par atome dans PyMol).
Si vous ne dessinez pas une structure moléculaire, il est préférable d'utiliser l'interface CGO de PyMol.
De la documentation PyMol:
sphères CGO sont générées par la commande SPHÈRE.
SPHERE, x, y, z, d
où x, y, z sont les coordonnées du centre de la sphère et d est le diamètre de la sphère . Notez comment une commande COULEUR est utilisée pour définir la couleur d'une sphère. Comme pour LINES, vous n'avez besoin que d'une commande COLOR lorsque la couleur de la prochaine sphère à modifier change.
Un exemple simple:
from pymol.cgo import *
from pymol import cmd
spherelist = [
COLOR, 0.100, 1.000, 0.000,
SPHERE, 30.304, 30.407, 30.531,0.30,
COLOR, 1.000, 0.000, 0.000,
SPHERE, 30.250, 30.250, 30.250,0.20,
]
cmd.load_cgo(spherelist, 'segment', 1)