Dans R, comment définir une classe S4 basée sur la classe d'un autre objet

Je dois créer un objet de type ShortReadQ à partir de la bibliothèque ShortRead de Bioconductor.Dans R, comment définir une classe S4 basée sur la classe d'un autre objet

ShortReadQ 'signature(sread = "DNAStringSet", quality = 
      "QualityScore", id = "BStringSet")'

La fente de la qualité doit être un objet héritant de QualityScore, dont je peux facilement déterminer d'un autre objet ShortReadQ que je veux imiter.

> class(quality(anotherObject)) 
[1] "SFastqQuality" 
attr(,"package") 
[1] "ShortRead"

Quelle est la meilleure façon d'utiliser cette information ("SFastqQuality") dans l'argument contructor?

newObject<-ShortReadQ(sread=..., 
      quality=SFastqQuality(...), 
      id=...)

Source

2010-03-01 Jeremy Leipzig

Je ne comprends pas la question. Vous pouvez soit essayer de clarifier votre question, soit essayer l'aide de bioconducteur: http://www.bioconductor.org/docs/postingGuide.html. – Shane

Je veux obtenir le nom de classe d'un objet donné et l'utiliser dans le constructeur d'un nouvel objet. Quelle est la meilleure façon de le faire? –

Merci pour vos réponses. ils me mènent à une solution qui fonctionne

newObject<-ShortReadQ(sread=..., 
      quality=new(Class=class(quality(anotherObject)),theFirstParameter=...), 
      id=...)

Source

2010-03-02 20:10:35

Cela fait-il ce que vous voulez?

quality = new(class(old.quality.obj)[[1]]))

Source

2010-03-02 04:25:11

Vous voudrez peut-être la fonction get:

a <- get(class(object)) 
a(...)

Source

2010-03-02 04:50:00 Shane

Dans R, comment définir une classe S4 basée sur la classe d'un autre objet

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