Tracé de comparaisons multiples?

Question

Lorsque l'on souhaite comparer (tester) plusieurs groupes (comme c'est le cas, par exemple, en faisant anova), on est confronté à la question des comparaisons multiples. La même chose s'applique si nous souhaitons tracer les comparaisons.

Ma question est donc, quels outils (en R) connaissez-vous qui permettent de tracer qui reflète des comparaisons multiples?

Actuellement, je ne connais que deux (bien que je suis sûr qu'il ya plus):

1. TukeyHSD() combiné avec plot()
2. La boxplot façon choisit les "encoches"

Answer 1

Il y a quelques méthodes autour de comparaisons multiples dans GLM

http://www.r-bloggers.com/multiple-comparisons-for-glmms-using-glmer-glht/

Il y a un article sur l'inférence simultanée du Manuel R-projet des analyses statistiques (__gVirt_NP_NN_NNPS<__ site web) ...

http://cran.r-project.org/web/packages/HSAUR2/vignettes/Ch_simultaneous_inference.pdf

plotmeans() du package gplot. Cela inclut les intervalles de confiance.

Ensuite, il y a une fonction error.bars.by() du paquet "psych". Trace les moyennes et les SD en groupe à partir d'une trame de données.

Certains utilisent des tracés de densité pour la visualisation.

# Compare MPG distributions for cars with 
# 4,6, or 8 cylinders 
library(sm) 
attach(mtcars) 

# create value labels 
cyl.f <- factor(cyl, levels= c(4,6,8), 
    labels = c("4 cylinder", "6 cylinder", "8 cylinder")) 

# plot densities 
sm.density.compare(mpg, cyl, xlab="Miles Per Gallon") 
title(main="MPG Distribution by Car Cylinders") 

# add legend via mouse click 
colfill<-c(2:(2+length(levels(cyl.f)))) 
legend(locator(1), levels(cyl.f), fill=colfill) 

Answer 2

Le paquet multcomp a par ex. plot.cld() - vous pouvez essayer

library(multcomp) 
example(plot.cld) 

En outre, une recherche rapide « multiple parcelle de comparaison » à http://rseek.org révèle quelques paquets et vues Tâche.