sequence-alignment

0La chaleur

1Répondre

Alignement de séquence avec pénalité arbitraire de gap

Je veux aligner deux séquences d'ADN de manière optimale, mais j'ai la fonction de pénalité de gap de longueur L, que si L est un multiple de 3, la pénalité est un * L pour une constante une. Si L n'e

2La chaleur

1Répondre

index non indexé pour les alignements biopython

Ma première fois en utilisant biopython. Pardonnez-moi si c'est une question fondamentale. Je voudrais entrer des séquences, puis les aligner, et être capable de me référer à la position d'index de la

0La chaleur

1Répondre

Clip 3 signaux avec corrélation croisée (finddelay)

dans Matlab Il est possible de couper/couper des paires de signaux audio (même fréquence) en utilisant finddelay comme suit, de sorte qu'ils sont alignés et ont la même longueur: d12 = finddelay(s1,s2

0La chaleur

1Répondre

algorithme pour aligner des séquences numériques

Salut j'ai deux séquences de données numériques disons: S1: S2 1,6,4,9,8,7,5 et: 6,9,7,5 Et je voudrais trouver un alignement de séquence dans les deux sens gauche-droite et droite-gauche. Donc j'ai u

5La chaleur

1Répondre

union ensemble minimal bitstring avec l'algorithme de changements

Je suis à la recherche d'un algorithme pour résoudre, ou au moins un nom propre pour le problème suivant: J'ai un ensemble B de bitstrings. L'algorithme doit trouver un minimum (défini comme "ayant mo

1La chaleur

2Répondre

Tracer des lignes reliant des points entre deux tracés unidimensionnels distincts

En tant que titre, je travaille sur l'alignement des séries temporelles, et une visualisation du résultat de l'alignement est souhaitée. Pour cela, je souhaite tracer des lignes reliant des "points d'

0La chaleur

1Répondre

Lorsque j'essaie de créer des listes d'atomes de CA, j'obtiens l'erreur suivante "erreur de clé 'CA' lors de l'exécution du code suivant

Pour le code suivant, lorsque j'exécute le code j'obtiens une erreur, que j'ai listée ci-dessous. Je me demandais si quelqu'un pouvait me donner des idées sur la façon d'ajouter les atomes de l'AC dan

1La chaleur

1Répondre

(moyenne) divergence de séquence pour de nombreuses séquences

J'ai ~ 13K séquences un 120 bases et je veux les comparer pour trouver des choses comme les régions conservées, une divergence moyenne entre les valeurs aberrantes ou très divergentes. Le problème est

1La chaleur

1Répondre

Biopython: l'alignement local entre les séquences d'ADN ne trouve pas d'alignement optimal

J'écris du code pour trouver des alignements locaux entre deux séquences. Voici un minimum, par exemple de travail que je travaille sur: from Bio import pairwise2 from Bio.pairwise2 import format_ali

0La chaleur

1Répondre

Ecrire 2 bouton dans HTML DOM sur le côté droit de l'écran de gauche à droite

j'ai écrit ma structure DOM comme: <button style="float:right">button1</button> <button style="float:right">button2</button> <button style="float:left">button3</button> <button style="float:left">b