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J'ai ~ 13K séquences un 120 bases et je veux les comparer pour trouver des choses comme les régions conservées, une divergence moyenne entre les valeurs aberrantes ou très divergentes.(moyenne) divergence de séquence pour de nombreuses séquences

Le problème est, avec ce nombre de séquences des choses que je ne sont pas essayées faisable.

a donc quelqu'un fait quelque chose de similaire dans cette taille et peut me donner quelques conseils comment y parvenir? Ou peut-être juste quelques conseils où je devrais chercher?

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Utilisez le programme dnadist du paquet PHYLIP. Vous avez un peu d'aide dans la bibliothèque Biopython pour traiter le format d'alignement Phylip here.