Mappage du tuple python et de la liste R avec rpy2?

Question

Je rencontre des problèmes pour comprendre le mappage avec l'objet rpy2 et l'objet python.

J'ai une fonction (x) qui retourne un objet tuple en python, et je veux mapper cet objet tuple avec R liste d'objets ou vecteur.

D'abord, je suis en train de le faire:

# return a python tuple into this r object tlist 
robjects.r.tlist = get_max_ticks(x) 

#Convert list into dataframe 
r('x <- as.data.frame(tlist,row.names=c("seed","ticks"))') 

FAIL avec l'erreur: rinterface.RRuntimeError: Erreur dans eval (expr, Envir, Enclos): objet 'tlist' not found

J'essaie une autre stratégie:

robjects.r["tlist"] = get_max_ticks(x) 
r('x <- as.data.frame(tlist,row.names=c("seed","ticks"))') 

FAIL avec cette erreur: TypeError: l'objet 'R' ne prend pas en charge l'affectation d'élément

Pourriez-vous m'aider à comprendre? Merci beaucoup!

Answer 1

Utilisation globalEnv:

import rpy2.robjects as ro 
r=ro.r 

def get_max_ticks(): 
    return (1,2) 
ro.globalEnv['tlist'] = ro.FloatVector(get_max_ticks()) 
r('x <- as.data.frame(tlist,row.names=c("seed","ticks"))') 
print(r['x']) 
#  tlist 
# seed  1 
# ticks  2 

Il est possible d'accéder à des symboles dans l'espace de noms R avec ce type de notation: robjects.r.tlist, mais vous ne pouvez pas attribuer des valeurs de cette façon. La façon d'attribuer un symbole est d'utiliser robject.globalEnv.

De plus, certains symboles dans R peuvent contenir une période, telle que data.frame. Vous ne pouvez pas accéder à ces symboles en Python en utilisant une notation similaire à robjects.r.data.frame, puisque Python interprète la période différemment que R. Donc, je suggère d'éviter cette notation entièrement, et utiliser plutôt robjects.r['data.frame'], puisque cette notation fonctionne quel que soit le nom du symbole.

Answer 2

Vous pouvez également éviter la cession en R tous ensemble:

import rpy2.robjects as ro 
tlist = ro.FloatVector((1,2)) 
keyWordArgs = {'row.names':ro.StrVector(("seed","ticks"))} 
x = ro.r['as.data.frame'](tlist,**keyWordArgs) 
ro.r['print'](x)