Conversion d'objets python pour rpy2

Question

Le code suivant est censé créer un heatmap dans rpy2

import numpy as np 
from rpy2.robjects import r 
data = np.random.random((10,10)) 
r.heatmap(data)  

Cependant, il en résulte l'erreur suivante

Traceback (most recent call last): 
    File "z.py", line 8, in <module> 
    labRow=rowNames, labCol=colNames) 
    File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 418, in __call__ 
    new_args = [conversion.py2ri(a) for a in args] 
    File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 93, in default_py2ri 
    raise(ValueError("Nothing can be done for the type %s at the moment." %(type(o)))) 
ValueError: Nothing can be done for the type <type 'numpy.ndarray'> at the moment. 

De la documentation J'apprends que r.heatmap attend "une matrice numérique". Comment puis-je convertir np.array au type de données requis?

Answer 1

Vous devez ajouter

import rpy2.robjects.numpy2ri 
rpy2.robjects.numpy2ri.activate() 

Voir http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html:

qui importent seul suffit pour faire passer une conversion automatique des objets numpy en objets rpy2.

Pourquoi en faire une importation en option, alors qu'il aurait pu être inclus dans la fonction py2ri() (comme cela se fait dans le patch d'origine soumis à cette fonction )?

Bien que les deux sont valides et raisonnables options, la décision de conception a été prise pour découpler rpy2 de numpy le plus, et ne présumez pas que ayant numpy installé automatiquement signifie qu'un programmeur voulait utiliser il .

modifier: Avec la 2.2.x série rpy2, l'importation seul ne suffit plus. La conversion doit être explicitement activée.

Answer 2

Pour rpy2 2.2.4 J'ai dû ajouter:

import rpy2.robjects.numpy2ri 
rpy2.robjects.numpy2ri.activate() 

Answer 3

Pour moi (2.2.1) ce qui suit a également (comme l'indique le http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html):

import rpy2.robjects as ro 
from rpy2.robjects.numpy2ri import numpy2ri 
ro.conversion.py2ri = numpy2ri