ExpressionSet (EDéfinissez) supprimer l'entrée avec NA

Question

Je suis essayer d'exclure tout mon échantillon d'un EDéfinissez qui ont pour un 10 phénotype pas d'entrée:

J'ai un EDéfinissez avec 50 échantillons et 10 phénotypes. L'échantillon A a NA dans Phenotype 1 et Sampe B dans Phenotype 3. Donc je veux supprimer A et B dans mon ESet.

J'essaie: appliquer (ESest @ @ pData données, 1, fonction (i) {if (is.na (i)) {}} ???

Désolé mais je aucune idée, (

Answer 1

Comme dit la dernière fois, s'il vous plaît utiliser le getter correct et les méthodes setter pour obtenir les données que vous voulez dans ce cas, il serait:

ESet[rowSums(is.na(pData(ESet)))==0,] 

pData() vous donne la trame de données avec. phénodata, et à condition que vous vérifiiez si l'une des lignes de la structure de données pData contient une NA.