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Je cherche un paquet python que je peux utiliser pour simuler la dynamique moléculaire dans des situations de non-équilibre. J'ai besoin d'une installation qui peut gérer un nombre assez important de molécules d'une manière principalement théorique, et qui peut gérer la présence de surfaces solides. En ce qui concerne les surfaces, je devrais être en mesure de créer des formes arbitraires et de surveiller la pression et d'autres variables résultant de l'action moléculaire. Alternativement, je pourrais ajouter les parties de surface moi-même si j'avais des molécules qui pourraient le manipuler.Simulation de la dynamique moléculaire en Python
Est-ce que quelqu'un connaît des paquets qui pourraient convenir?
Ceci est pour la modélisation de l'écoulement des gaz autour des surfaces, pas pour la biologie. Essentiellement à la recherche de collisions élastiques sur les différentes surfaces et les autres molécules du système pour voir ce que la présence des surfaces fait pour circuler. Non-équilibre parce que les différents côtés des surfaces sont à différentes températures, pressions, etc. – Elliot
Aussi ce que le flux fait aux surfaces, qui peuvent bouger si les gaz leur donnent assez de coup de pied. – Elliot