J'ai passé beaucoup de temps à essayer de résoudre ce problème, mais toujours pas de chance. Je suis en train de se Rgraphviz de travailler avec R 2.14.1 sur Max OS X LionImpossible d'installer R paquet "Rgraphviz" sur Mac OS X Lion
Ce sont les étapes de mon travail pour installer et utiliser Rgraphviz sous Mac OS X Lion:
installé graphviz via:
sudo port install graphvizvérifié que l'installation a réussi:
pkg-config --modversion libgvc
Résultat: 2.28.0 < - Cela signifie que son OK
Sous R 2.14.1
source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("Rgraphviz")
Chaque fois que j'essaie d'utiliser la bibliothèque, je reçois l'erreur suivante
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rgraphviz', details:
call: value[[3L]](cond)
error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library/Rgraphviz/libs/i386/Rgraphviz.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library/Rgraphviz/libs/i386/Rgraphviz.so, 6): Library not loaded: /usr/local/lib/libgvc.5.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library/Rgraphviz/libs/i386/Rgraphviz.so
Check that (1) graphviz is installed on your system; (2) the installed version of
graphviz matches '2.26.3'; this is the version used to build this Rgraphviz
package; (3) graphviz is accessible to R, e.g., the path to the graphviz 'bin'
directory is in the system 'PATH' variable. See additional instructions in the
'README' file of the Rgraphviz 'source' distribution, available at
Certaines choses que je remarquais
- T Il graphviz suggéré dans le fichier "help" est 2.26.3 et le graphviz installé par Mac Ports est 2.28.0, mais comme c'est une version plus récente, je ne pense pas que cela fasse une différence, et d'ailleurs je ne peux pas trouver v 2.26 .3
- Suggestion numéro (3) semble être la clé, mais je ne peux pas trouver/ne pas avoir un répertoire bin sous graphbiz
aussi quand je lance un locate Rgraphviz.so il n'y a pas de résultats.
Tout indice vers une solution sera très apprécié, Merci beaucoup!
Pour vérifier si elle est dans votre PATH, vous pouvez taper 'dot -V' (' dot' c'est l'un des exécutables installés avec graphviz): il doit retourner quelque chose comme 'point - graphviz version 2.26.3 (20100126.1600) '. –
Merci pour la réponse rapide.Il semble que Graphviz fonctionne, je reçois 'dot - graphviz version 2.28.0 (20120119.1845)' donc l'erreur est dans R. J'ai également essayé de courir R en mode 64 bits, mais pas de chance, même erreur. – JordanBelf
Probablement pas définitif, mais essayez biocLite ("Rgraphiz", type = "source") afin que le paquet soit construit à partir de la source et donc installé par rapport à la version de graphviz sur votre machine plutôt que installé comme un fichier binaire la version (2.26.3) sur la machine de construction Bioconductor (l'anomalie suggérée par le point 2). Cela peut nécessiter des outils de compilation supplémentaires sur votre Mac, mais je suis hors de ma profondeur de MacOS ici. –