idées sur la façon de mesurer la longueur d'un squelette en utilisant python

Question

Après avoir appliqué skeletonization sur une image(),

Je veux mesurer la branche la plus longue ou la colonne vertébrale du squelette en utilisant python. ImageJ a plusieurs outils qui font ce travail l'un est Measure_Skeleton_length, un autre est AnalyzeSkeleton. Des outils ou des suggestions en python?

Answer 1

Je ne sais pas pour les outils de python, mais voici la façon de le faire d'un point de vue algorithmique:

1. détecter tous les pixels extrêmes (dernier pixel sur une branche, si pixels avec seulement un voisin)
2. pour chacun de ces pixels, calculer une carte de distance géodésique.

Ensuite, vous la distance maximale trouvée au cours du calcul des cartes sera la distance que vous voulez. Point 1 est le codage de base, vous pouvez donc le faire en Python, mais vous devez trouver une bibliothèque pour le point 2.