Tant que les deux clusters ne partagent aucune ressource, ils ne doivent en aucun cas entrer en collision. Les ressources peuvent inclure des équilibreurs de charge, des passerelles et des connexions VPC. En théorie, vous pouvez partager certaines ressources et même des instances si vous avez besoin de réduire les coûts, mais vous devrez changer les ports et configurer votre équilibreur de charge de manière appropriée.
Les définitions de tâches peuvent nécessiter différentes variables d'environnement, auquel cas je créerais différentes définitions de tâches pour chaque environnement. Vous pouvez définir des variables d'environnement lors de l'exécution lors de l'appel des appels API StartTask et RunTask ecs, ainsi que de certains services, auquel cas vous pouvez partager une même définition de tâche.
Si vous utilisez cloudformation avec amazon ecs, vous devriez pouvoir configurer un VPC et un ELB/ALB différents pour chaque cluster en utilisant un modèle de cloudformation. Le rapport ecs-cli contient un exemple de modèle que vous pouvez extraire - voir https://github.com/aws/amazon-ecs-cli.