Erreur bioformats-Python: le codec 'ascii' ne peut pas encoder le caractère 'xb5' lorsque vous utilisez OMEXML()

Question

J'essaie d'utiliser des bioformats en Python pour lire une image microscopique (.lsm, .czi, .lif , vous l'appelez), imprimez les métadonnées et affichez l'image. ome = bf.OMEXML(md) me donne une erreur (ci-dessous). Je pense qu'il parle de l'information stockée dans md. Il n'aime pas que les informations dans md ne sont pas tous ASCII. Mais comment puis-je surmonter ce problème? C'est ce que je l'ai écrit:

import Tkinter as Tk, tkFileDialog 
import os 
import javabridge as jv 
import bioformats as bf 
import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np 

jv.start_vm(class_path=bf.JARS, max_heap_size='12G') 

L'utilisateur sélectionne le fichier pour travailler avec

#hiding root alllows file diaglog GUI to be shown without any other GUI elements 
root = Tk.Tk() 
root.withdraw() 
file_full_path = tkFileDialog.askopenfilename() 
filepath, filename = os.path.split(file_full_path) 
os.chdir(os.path.dirname(file_full_path)) 

print('opening: %s' %filename) 
reader = bf.ImageReader(file_full_path) 
md = bf.get_omexml_metadata(file_full_path) 
ome = bf.OMEXML(md) 

image rangea numpy

raw_data = [] 
    for z in range(iome.Pixels.get_SizeZ()): 
    raw_image = reader.read(z=z, series=0, rescale=False) 
    raw_data.append(raw_image) 
raw_data = np.array(raw_data) 

Afficher voulait métadonnées

iome = ome.image(0) # e.g. first image 
print(iome.get_Name()) 
print(iome.Pixels.get_SizeX()) 
print(iome.Pixels.get_SizeY()) 

Voilà l'e rror je reçois:

--------------------------------------------------------------------------- 
UnicodeEncodeError      Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-22-a22c1dbbdd1e> in <module>() 
    11 reader = bf.ImageReader(file_full_path) 
    12 md = bf.get_omexml_metadata(file_full_path) 
---> 13 ome = bf.OMEXML(md) 

/anaconda/envs/env2_bioformats/lib/python2.7/site-packages/bioformats/omexml.pyc in __init__(self, xml) 
    318   if isinstance(xml, str): 
    319    xml = xml.encode("utf-8") 
--> 320   self.dom = ElementTree.ElementTree(ElementTree.fromstring(xml)) 
    321 
    322   # determine OME namespaces 

<string> in XML(text) 

UnicodeEncodeError: 'ascii' codec can't encode character u'\xb5' in position 1623: ordinal not in range(128) 

est ici un test image représentant au format de la microscopie exclusive

Answer 1

Merci d'ajouter l'image de l'échantillon. Cela a énormément aidé! Supprimons tout le code Tkinter inutile jusqu'à ce que nous arrivions à un Minimal, Complete and Verifiable Example qui nous permet de reproduire votre message d'erreur.

import javabridge as jv 
import bioformats as bf 

jv.start_vm(class_path=bf.JARS, max_heap_size='12G') 

file_full_path = '/path/to/Cell1.lsm' 

md = bf.get_omexml_metadata(file_full_path) 

ome = bf.OMEXML(md) 

jv.kill_vm() 

Nous obtenons d'abord des messages d'avertissement au sujet de 3i SlideBook SlideBook6Reader library not found mais nous can apparently ignore que.

Votre message d'erreur se lit UnicodeEncodeError: 'ascii' codec can't encode character u'\xb5' in position 1623: ordinal not in range(128), donc regardons ce que nous pouvons trouver autour de la position 1623.

Si vous ajoutez print md après md = bf.get_omexml_metadata(file_full_path), l'ensemble des métadonnées XML avec est imprimé. Faisons un zoom avant:

>>> print md[1604:1627] 
PhysicalSizeXUnit="µm" 

Ainsi, le caractère µ est le coupable, il ne peut pas être codé avec le 'ascii' codec.

Rétrospectivement au retraçage:

/anaconda/envs/env2_bioformats/lib/python2.7/site-packages/bioformats/omexml.pyc in __init__(self, xml) 
    318   if isinstance(xml, str): 
    319    xml = xml.encode("utf-8") 
--> 320   self.dom = ElementTree.ElementTree(ElementTree.fromstring(xml)) 
    321 
    322   # determine OME namespaces 

Nous voyons que les dans les lignes avant que l'erreur se produit, nous encode notre xml-utf-8, qui devrait résoudre notre problème. Alors pourquoi ça n'arrive pas?

si l'on ajoute print type(md) nous rentrerons <type 'unicode'> et non <type 'str'> comme le code prévu .. Donc, ce bogue dans omexml.py!

Pour résoudre ce problème, procédez comme suit (vous devrez peut-être être root);

• Aller à /anaconda/envs/env2_bioformats/lib/python2.7/site-packages/bioformats/
• supprimer omexml.pyc
• en ligne omexml.py changement 318 de isinstance(xml, str): à if isinstance(xml, basestring):

basestring est la superclasse pour str et unicode. Il est utilisé pour tester si un objet est une instance de str ou unicode.

Je voulais déposer un bug pour cela, mais il semble qu'il y ait déjà un open issue.