Ceci n'est pas seulement un problème de php. Vous devez faire une table de base de données comme ceci:
messageID
contents
...
popuped
userID
Ensuite, faire une page qui obtient le nombre de messages qui ne sont pas popuped déjà:
SELECT COUNT(*) AS nr FROM messages WHERE userID = :userID AND popuped = 0
Et après cet ensemble popuped à 1:
UPDATE messages SET popuped = 1 WHERE userID = :userID
Et d'imprimer le champ nr. Ensuite, pour chaque page de votre site, vous devez effectuer une requête ajax planifiée (par exemple toutes les 20 secondes) qui a chargé cette page. Si le résultat est supérieur à zéro, vous devez montrer que l'utilisateur a des messages.
Pour la demande ajax un coup d'oeil par exemple au Mootools framework javascript (ou jQuery, Prototype, etc.)