Comment comparer l'analyse MDS et Cluster dans R

Ceci est mon premier article ici donc j'espère ne pas enfreindre les règles! J'ai un ensemble de 30snps échantillonné de 450 individus. J'ai effectué un MDS sur mon ensemble de données et une analyse de cluster. Dans les deux cas, j'ai obtenu deux groupes distincts. J'aimerais voir si les individus des deux groupes sont les mêmes pour l'analyse MDS et l'analyse par grappes. Avez-vous des suggestions sur la façon dont je pourrais résoudre cela?Comment comparer l'analyse MDS et Cluster dans R

Merci pour votre aide!

Source

2017-06-07 Beatrice Baldi

Pouvez-vous poster quelques exemples de données? – smacdonald

Salut, je suggère de re-poster cette question sur https://bioinformatics.stackexchange.com avec plus de détails (dans quel format sont les données dans? Etc). Puisque cela est très spécifique à la bioinformatique et seulement marginalement lié à la programmation, vous obtiendrez probablement une meilleure réponse là-bas. –

Merci! J'ai été capable de résoudre le problème;) –

Si vous avez deux vecteurs, vous pouvez voir comment ils diffèrent en utilisant setdiff():

set1 <- c(1, 2, 3, 4, 5) 
set2 <- c(2, 3, 4, 5, 6) 

# what elements are in set1 but not in set2? 
setdiff(set1, set2) 
[1] 1

Source

2017-06-07 08:53:22 smacdonald

Merci! J'ai pensé utiliser la fonction table() mais je ne sais pas comment créer les deux vecteurs. Pour le MDS peut-être je peux utiliser les $ points (c'est un MDS non métrique), mais pour l'analyse de cluster je n'ai aucune idée de la façon d'extraire les données de l'analyse de cluster elle-même. Désolé, j'espère que je ne suis pas trop confus! –

Si vous mettez à jour votre question initiale pour inclure d'autres détails (par exemple, des exemples de données et le code que vous utilisez pour effectuer l'analyse MDS et de cluster), les utilisateurs peuvent vous aider. – smacdonald

Merci, j'ai pu manipuler mes données afin d'utiliser la fonction setdiff. Ça a marché! –

Comment comparer l'analyse MDS et Cluster dans R

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