J'ai effectué une analyse de cluster avec le package pvclust sur R. J'ai extrait les composants des clusters résultants avec la commande "pvpick" résultant en une liste avec 8 clusters.Conversion d'une liste en un vecteur nommé dans R
[[1]]
[1] "sco.plu" "tra.myo"
[[2]]
[1] "sya.pap" "syn.foe" "syn.int"
[[3]]
[1] "par.bra" "sya.mic"
[[4]]
[1] "bal.cap" "spa.axi"
[[5]]
[1] "achi.lin" "gin.cir" "gym.vic" "tha.nat"
[[6]]
[1] "alb.vul" "car.bar" "cha.fab" "cyn.vor" "eut.all" "fis.tab" "hae.aur" "hae.ste" "pol.vir" "sel.cru" "spa.fro"
[12] "tri.letp" "ula.lef"
[[7]]
[1] "aux.roc" "car.cry" "car.hip" "car.lat" "clo.chr" "cyn.jam" "ech.nau" "ech.neu" "elo.sau" "hae.par" "hae.plu" "lut.syn"
[13] "lyc.bat" "ocy.chr" "oli.pal" "opi.ogl" "ort.rub" "rac.can" "rhi.por" "sco.bra" "sco.cav" "sco.reg"
[[8]]
[1] "aca.qua" "aca.bah" "aca.chi" "alu.mon" "ani.vir" "arc.rho" "asp.lun" "bag.bag" "bag.mar" "cal.cal" "cal.pen" "cal.pnt"
[13] "can.pul" "cat.spi" "cen.par" "cha.str" "chi.spi" "con.nob" "cyn.lei" "cyn.mic" "dac.vol" "dec.pun" "dia.aur" "epi.ads"
[25] "gen.lut" "gen.mac" "het.cru" "hol.cil" "hol.ads" "lac.tri" "lar.bre" "lut.ana" "lut.joc" "mic.fur" "not.gra" "pri.are"
[37] "pri.pun" "sci.pro" "sel.vom" "sel.bro"
Pour ma prochaine analyse que je dois faire un « vecteur nommé » de cette liste, tout comme celui que vous obtenez lorsque vous utilisez la fonction « cuttree » du paquet de cluster, chaque nom d'espèce (ie « sco .plu ") en tant que nom avec son numéro de cluster correspondant dans le vecteur. Cela ressemblerait à ceci:
> memb_average
aca.qua aca.bah aca.chi achi.lin alb.vul alu.mon ani.vir arc.rho asp.lun aux.roc bag.bag bag.mar bal.cap cal.cal
1 1 1 2 3 1 1 1 1 4 1 1 1 1
cal.pen cal.pnt can.pul car.bar car.cry car.hip car.lat cat.spi cen.par cha.fab cha.str chi.spi clo.chr con.nob
1 1 1 3 4 4 4 1 1 4 1 1 4 1
cyn.jam cyn.lei cyn.mic cyn.vor dac.vol dec.pun dia.aur ech.nau ech.neu elo.sau epi.ads eug.bra eut.all fis.tab
5 6 6 3 5 1 1 4 4 5 1 1 4 3
gen.lut gen.mac gin.cir gym.vic hae.aur hae.par hae.plu hae.ste het.cru hol.cil hol.ads lac.tri lar.bre lut.ana
6 6 7 2 4 4 4 4 2 1 1 1 6 1
lut.joc lut.syn lyc.bat mic.fur not.gra ocy.chr oli.pal opi.ogl ort.rub par.bra pol.vir pri.are pri.pun rac.can
1 4 4 1 6 4 5 4 5 1 6 1 5 4
rhi.por sci.pro sco.bra sco.cav sco.reg sco.plu sel.cru sel.vom sel.bro spa.axi spa.fro sya.mic sya.pap syn.foe
4 4 4 4 4 2 4 5 5 3 3 1 2 2
syn.int tha.nat tra.myo tri.letp ula.lef
2 2 2 4 3
, mais je suis vraiment du mal à trouver un moyen de le faire et ont à nouveau ce sentiment qu'il pourrait avoir une solution très simple et élégante.
'dput' vos données –
Pourquoi sco.plu attribué 2? Il apparaît dans la première sous-liste. Pourquoi syn.pap et tha.nat sont tous les deux 2? Ils apparaissent dans différentes sous-listes. –
Je veux juste être clair: la sortie que vous fournissez est "comme" ce que vous voulez, mais ** ne correspond pas à l'entrée affichée **? Vous voulez un vecteur nommé qui commence par '1, 1' avec les noms' "sco.plu", "tra.myo" 'parce que c'est le premier cluster, puis' 2, 2, 2' avec les noms '" sya.pap " "syn.foe" "syn.int" ', etc., est-ce correct? Si vous montrez la sortie désirée dans une question (ce qui est une bonne chose à faire!), Faites-le extrêmement évident si ce n'est pas exactement ce que vous cherchez. – Gregor