Je dois appliquer une fonction à un sous-ensemble (depth1: depthN sur nm1: nmN) dans ma df qui doit utiliser les deux colonnes (t & s) et les lignes en entrée (profondeur, temp & sal). Mes données réelles ont 170 colonnes par 28-128 lignes. Je voudrais calculer une formule comme:Comment incorporer un LUT dans un funs dplyr?
x = z- [temp * (temp - tdev) + s * sal]
où z elle les valeurs observées
df <- matrix(c(
1.0277, 1.0051, 1.0059, 1.003, 1.009, 1.00E-04, -1.20E-05,
1.0019, 0.9841, 0.9769, 0.9809, 0.9815, 9.00E-05, -1.80E-05,
0.9755, 0.9601, 0.9531, 0.9587, 0.955, 6.00E-05, -2.00E-05,
0.9522, 0.9364, 0.9296, 0.9322, 0.931, 2.00E-05, -2.00E-05,
0.2, 0.4, 0.6, 0.8, 1, NA, NA,
15.327, 15.336, 15.356, 15.342, 14.853, NA, NA,
14.908, 14.916, 14.912, 14.9, 17.95, NA, NA
), nrow = 7, ncol = 7, byrow = TRUE,
dimnames = list(c("nm1","nm2","nm3","nm4","depth","temp","sal"),
c("depth1","depth2","depth3","depth4","depth5","t","s")))
df
depth1 depth2 depth3 depth4 depth5 t s
nm1 1.0277 1.0051 1.0059 1.003 1.009 1.00E-04 -1.20E-05
nm2 1.0019 0.9841 0.9769 0.9809 0.9815 9.00E-05 -1.80E-05
nm3 0.9755 0.9601 0.9531 0.9587 0.955 6.00E-05 -2.00E-05
nm4 0.9522 0.9364 0.9296 0.9322 0.931 2.00E-05 -2.00E-05
depth 0.2 0.4 0.6 0.8 1 NA NA
temp 15.327 15.336 15.356 15.342 14.853 NA NA
sal 14.908 14.916 14.912 14.95 17.95 NA NA
Je pensais qu'il pourrait être préférable d'avoir les lignes utilisées dans l'équation (profondeur, température & sal) dans un autre df (DF2) et les déposer de la première avec des variables correspondant DEPTH1: DepthN et utiliser comme LUT comme ci-dessous:
nm <- c("nm1", "nm2","nm3","nm4")
df1<-df[nm, ]
df1
depth1 depth2 depth3 depth4 depth5 t s
nm1 1.0277 1.0051 1.0059 1.003 1.009 1.00E-04 -1.20E-05
nm2 1.0019 0.9841 0.9769 0.9809 0.9815 9.00E-05 -1.80E-05
nm3 0.9755 0.9601 0.9531 0.9587 0.955 6.00E-05 -2.00E-05
nm4 0.9522 0.9364 0.9296 0.9322 0.931 2.00E-05 -2.00E-05
list2 <- c("depth", "temp","sal")
df2 <- subset(df,rownames(df) %in% list2, select = depth1:depth5)
df2 depth1 depth2 depth3 depth4 depth5
depth 0.2 0.4 0.6 0.8 1
temp 15.327 15.336 15.356 15.342 14.853
sal 14.908 14.916 14.912 14.95 17.95
J'ai essayé en dplyr, avec succès:
tdev <- 17.2
df3<-transmute_at(df, vars(depth1:depth5), funs(.-abs(t*(df2[2,]- tdev)+s*df2[3,])))
Quelqu'un at-il une solution pour cela?
OUI! Merci @biomiha! C'est vraiment ce que je voulais, je ne savais pas comment transformer la df en un format long d'une manière facile et puis je pensais à un LUT pour le contourner. t sont pris à partir de la df mais tdev est une constante avec une valeur fixe donc pour la dernière ligne que je devrais faire: 'muter (x = z- (t * (temp - tdev) + s * sal)). Merci encore, cela me fait gagner beaucoup de temps dans le traitement de mes données! –