Je veux générer logo avec sélénocystéine, mais quand je choisis l'option avec reduced_protein_alphabet i obtenir erreur 'alphabet repetative'Weblogo - alphabet sélénocystéine
weblogo -f sc.txt -D fasta -o sc_logo -F pdf -a reduced_protein_alphabet -s large -n 100 -c chemistry
Ma solution: Voici ce que je l'ai fait
Vérifiez que le fichier n'a pas d'erreur.
ajouter un alphabet 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVUWY' à l'option -a
couleur en acides aminés cet alphabet C
weblogo -f sc.txt -D FASTA -o logo pdf -F -n 100 - Une protéine -a 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVUWY' de grande -C jaune U sélénocystéine -C rouge dE acide -C noir AVLIPWFM hydrophobe -C bleu violet KRH base -C QN neutre -C vert GSTYC Polar
I n » C'est vrai que c'est aussi simple. Peut-être que ça va aider quelqu'un!
cross posté: https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/2661 – Pierre
Pouvez-vous ajouter votre fichier d'entrée? –
désolé je ne peux pas, ce n'est pas confidentiel – MTG