ImageJ: .show() n'affiche pas d'image

Question

Je débute très récemment en javascript et j'aimerais traiter certaines images aux Fidji. J'utilise le langage macro depuis un moment, mais j'essaie de me familiariser avec l'API formelle ImageJ/Fiji. J'essaie d'exécuter le morceau de code simpliste suivant, il fonctionne sans erreurs mais il ne montre aucune image à la fin. Qu'est-ce qui ne va pas?

importClass(Packages.ij.plugin.filter.GaussianBlur); 


var image = IJ.openImage("/home/.../KNIIC_BC_Cam2_AirBubble2_Image1038.bmp"); 
IJ.run(image, "8-bit", ""); 

var dpl = image.getProcessor().duplicate(); 
var gs = new GaussianBlur(); 
gs.blur(dpl,20); 
new ImagePlus(gs).show(); 

Merci à l'avance

Answer 1

Le problème est la manière dont vous traitez avec le ImagePlus: dans la dernière ligne, vous essayez de créer un new ImagePlus, mais il n'y a aucune chance que celui-ci contient toutes les informations de votre image chargée. Traite un ImageProcessor que vous obtiendrez via la méthode ImagePlus#getProcessor(). Si vous regardez le API documentation, vous verrez également que blur(ImageProcessor,double) est déprécié en faveur de l'une des autres méthodes: vous pouvez utiliser blurGaussian(ImageProcessor, double, double, double) ici.

Ce code fonctionnerait:

importClass(Packages.ij.plugin.filter.GaussianBlur); 

var imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/clown.jpg"); 
IJ.run(imp, "8-bit", ""); 

var ip = imp.getProcessor(); 
var gs = new GaussianBlur(); 
gs.blurGaussian(ip,20,20,0.01); 
imp.show(); 

mais il utilise la voie à faible niveau d'interférer avec la classe GaussianBlur. Pour faciliter votre vie, vous pouvez également enregistrer la commande javascript dans l'interface graphique via Plugins> Macros> Enregistrer ... puis en sélectionnant Enregistrement: Javascript avant d'effectuer le flou gaussien via Traiter> Filtres> Flou gaussien ... Cela rendrait votre code beaucoup plus court:

var imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/clown.jpg"); 
IJ.run(imp, "8-bit", ""); 
IJ.run(imp, "Gaussian Blur...", "sigma=20"); 

imp.show(); 

aide générale avec les scripts Javascript dans ImageJ, voir thesetwo liens vers le wiki Fidji.

Modifier: A partir de ImageJ 1.47n5, ImageProcessor a une nouvelle méthode blurGaussian(double sigma), raccourcir le code ci-dessus (niveau bas) à:

var imp = IJ.openImage("http://imagej.nih.gov/ij/images/clown.jpg"); 
IJ.run(imp, "8-bit", ""); 
imp.getProcessor().blurGaussian(20); 
imp.show();