Conversion de la classe S3 'spec' en nouvelle classe S4

Question

In R Je souhaite convertir (coercer?) Un objet renvoyé de stats::spectrum (classe 'spec') en une nouvelle classe S4. La « spécification » de la classe S3 est essentiellement une liste de différentes informations avec les formats mixtes (je l'ai commenté la sortie de l'écran):

psd3 <- spectrum(rnorm(1e3), plot=FALSE) 
summary(psd3) 
#   Length Class Mode  
# freq  500 -none- numeric 
# spec  500 -none- numeric 
# coh   0 -none- NULL  
# phase  0 -none- NULL  
# kernel  0 -none- NULL  
# df   1 -none- numeric 
# bandwidth 1 -none- numeric 
# n.used  1 -none- numeric 
# orig.n  1 -none- numeric 
# series  1 -none- character 
# snames  0 -none- NULL  
# method  1 -none- character 
# taper  1 -none- numeric 
# pad   1 -none- numeric 
# detrend  1 -none- logical 
# demean  1 -none- logical 

class(unclass(psd3)) 
# [1] "list" 

is.object(psd3) & !isS4(psd3) 
# [1] TRUE 

Maintenant, disons que nous définissons un nouveau générateur S4 pour une classe nommée « specS4 » , dans lequel les noms de sous sont les noms dans l'objet « spec »

specS4 <- setClass("specS4", 
    representation = representation(freq="numeric", spec="numeric", coh="numeric", phase="numeric", kernel="numeric", df="numeric", bandwidth="numeric", n.used="numeric", orig.n="numeric", series="character", snames="character", method="character", taper="numeric", pad="numeric", detrend="logical", demean="logical"), 
    prototype = prototype(coh=numeric(0), phase=numeric(0), kernel=numeric(0), df=Inf, snames="", detrend=FALSE, demean=FALSE) 
) 

et générer un nouvel objet de celui-ci:

psd4 <- specS4() 

validObject(psd4) 
# [1] TRUE 

Quelle serait la meilleure façon d'attribuer à chaque composante de psd3 à son emplacement correspondant dans psd4? Une complication est que spectrum peut renvoyer NULL pour quelques champs (connus); l'affectation de ces valeurs entraînerait une erreur dans checkSlotAssignment (pour la représentation donnée).

Une solution douloureuse que j'ai est:

nonull.spec <- function(psd){ 
    stopifnot(inherits(psd, 'spec', FALSE)) 
    # as.numeric(NULL) --> numeric(0) 
    # spec.pgram/.ar both may return NULL for these: 
    psd$coh <- as.numeric(psd$coh) 
    psd$phase <- as.numeric(psd$phase) 
    psd$kernel <- as.numeric(psd$kernel) 
    psd$snames <- as.character(psd$snames) 
    return(psd) 
} 

as.specS4 <- function(psd) UseMethod("as.specS4") 
as.specS4.spec <- function(psd){ 
    stopifnot(inherits(psd, 'spec', FALSE)) 
    ## deal with possible NULLs 
    psd <- nonull.spec(psd) 
    ## generate specS4 class 
    S4spec <- specS4() 
    ## (re)assign from 'spec' list 
    S4spec@freq <- psd$freq 
    S4spec@spec <- psd$spec 
    S4spec@coh <- psd$coh 
    S4spec@phase <- psd$phase 
    S4spec@kernel <- psd$kernel 
    S4spec@snames <- psd$snames 
    # [more to assign, obviously] 
    # 
    # [run a validity check...] 
    # 
    return(S4spec) 
} 

qui fonctionne, même si as.specS4.spec est volontairement incomplète.

psd4c <- as.specS4(psd3) 

validObject(psd4c) 
# [1] TRUE 

Y at-il une meilleure façon d'atteindre ce as.specS4.spec fait? Cette solution semble précaire.

Answer 1

Je viens de me rendre compte à quel point c'est simple. Doh!

match slotNames dans l'objet « specS4 » avec names dans l'objet « spec », puis attribuer à slot (en supposant que le code dans la question a été exécuté):

as.specS4.spec <- function(psd){ 
    stopifnot(inherits(psd, 'spec', FALSE)) 
    psd <- nonull.spec(psd) 
    S4spec <- specS4() 
    spec_slots <- slotNames(S4spec) 
    spec_slots <- spec_slots[match(names(psd), spec_slots)] 
    for (what in spec_slots){ 
    slot(S4spec, what) <- as.vector(unlist(psd[what])) 
    } 
    return(S4spec) 
} 

psd4c2 <- as.specS4(psd3) 

validObject(psd4c2) 
# [1] TRUE 
> all.equal(psd4c@freq, psd4c2@freq, psd3$freq) 
# [1] TRUE