Comment utiliser numpy dans le filtre programmable dans ParaView

Question

Supposons que j'ai un ProgrammableFilter en paraview, qui reçoit deux entrées: mesh1 avec data et mesh2 without. En outre, je connais la permutation des points de mesh1 à mesh2. A l'intérieur du filtre, je peux accéder aux valeurs de points par

data0=inputs[0].GetPointData().GetArray('data')` 

et d'obtenir une partie de la matrice en utilisant

subData=data0[0:6] 

par exemple. Mais comment pourrais-je ajouter ce subData à la sortie sans une boucle python?

Pour expérimenter avec le code, je créé un (pas si petit) exemple de travail:

#!/usr/bin/python 
from paraview.simple import * 
import numpy as np 
import vtk 
from vtk.util.numpy_support import numpy_to_vtk 

#generate an arbitrary source with data 
mesh2=Sphere() 
mesh2.Center=[0.0, 0.0, 0.0] 
mesh2.EndPhi=360 
mesh2.EndTheta=360 
mesh2.PhiResolution=100 
mesh2.Radius=1.0 
mesh2.StartPhi=0.0 
mesh2.StartTheta=0.0 
mesh2.ThetaResolution=100 
mesh2.UpdatePipeline() 

#add the data 
mesh2Vtk=servermanager.Fetch(mesh2) 
nPointsSphere=mesh2Vtk.GetNumberOfPoints() 
mesh2Data=paraview.vtk.vtkFloatArray() 
mesh2Data.SetNumberOfValues(nPointsSphere) 
mesh2Data.SetName("mesh2Data") 
#TODO: use numpy here?? do this with a ProgrammableFilter ? 
data=np.random.rand(nPointsSphere,1) 
for k in range(nPointsSphere): 
    mesh2Data.SetValue(k, data[k]) 
mesh2Vtk.GetPointData().AddArray(mesh2Data) 

#send back to paraview server 
#from https://public.kitware.com/pipermail/paraview/2011-February/020120.html 
t=TrivialProducer() 
filter= t.GetClientSideObject() 
filter.SetOutput(mesh2Vtk) 
t.UpdatePipeline() 
w=CreateWriter('Sphere_withData.vtp') 
w.UpdatePipeline() 
Delete(w) 

#create mesh1 without data 
mesh1=Line() 
mesh1.Point1=[0,0,0] 
mesh1.Point2=[0,0,1] 
mesh1.Resolution=5 
mesh1.UpdatePipeline() 

progFilter=ProgrammableFilter(mesh1) 
progFilter.Input=[mesh1, t] 
progFilter.Script="curT=inputs[1].GetPointData().GetArray('mesh2Data')"\ 
    "\nglobIndices=range(0,6)"\ 
    "\nsubT=curT[globIndices]"\ 
    "\nswap=vtk.vtkFloatArray()"\ 
    "\nswap.SetNumberOfValues(len(globIndices))"\ 
    "\nswap.SetName('T')"\ 
    "\n#TODO: how can i avoid this loop, i.e. write output.GetPointData().AddArray(converToVTK(subT))"\ 
    "\nfor k in range(len(globIndices)):"\ 
    "\n swap.SetValue(k,subT[k])"\ 
    "\noutput.PointData.AddArray(swap)" 
progFilter.UpdatePipeline() 
w=CreateWriter('Line_withData.vtp') 
w.UpdatePipeline() 
Delete(w) 

J'ai accepté la réponse, parce qu'il semble bon. Les deux scripts montrent même le problème suivant: Script de base 'run.py':

src1='file1.vtu' 
r1=XMLUnstructuredGridReader(FileName=src1) 

progFilter=ProgrammableFilter(r1) 
progFilter.Input=[r1] 
with open('script.py','r') as myFile: 
    progFilter.Script=myFile.read() 
progFilter.UpdatePipeline() 
progData=progFilter.GetPointDataInformation() 
print progData.GetArray('T2').GetRange() 

et le script pour le filtre programmable:

import vtk 
import vtk.numpy_interface.dataset_adapter as dsa 
import numpy as np 
globIndices=inputs[0].GetPointData().GetArray('T') 
subT=np.ones((globIndices.shape[0],1)) 
subTVtk=dsa.VTKArray(subT) 
output.PointData.append(subTVtk, 'T2') 

Avec cette combinaison, je reçois des messages d'erreur:

• fichier "/usr/lib/python2.7/dist-packages/vtk/numpy_interface/dataset_adapter.py", ligne 652, en append self.VTKObject.AddArray (Arr)

  TypeError: L'argument AddArray 1: méthode nécessite un objet VTK

• File "run.py", à la ligne 15, dans

  print progData.GetArray('T2').GetRange() 
  

  AttributeError: objet 'NoneType' n'a pas d'attribut 'GetRange'

Le premier message d'erreur semble être la raison de la seconde.

Answer 1

Voici un exemple minimal qui crée un tableau de données VTK à partir d'un tableau Numpy. Vous devriez être capable de l'adapter à vos besoins.

import numpy as np 
import vtk 
from vtk.numpy_interface import dataset_adapter as da 

np_arr = np.ones(6) 
vtk_arr = da.VTKArray(np_arr) 
output.PointData.append(vtk_arr, "my data")