Générer des données aléatoires

Question

J'essaie de générer des données aléatoires pour 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY' sous une forme 3-mer (comme, AEF) en utilisant le script suivant, mais dans les sorties, j'ai eu beaucoup de 3-mères similaires. Pourriez-vous s'il vous plaît me conseiller sur la façon de faire, ne pas obtenir des résultats similaires ou supprimer le même 3-mer?

Merci à l'avance, Berk

import random 

def random_AA_seq(length): 
    return ''.join(random.choice('ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY') for i in range(length)) 

list_size = 10000 
lengths = [] 

for j in range(list_size): 
    a = int(random.normalvariate(3, 0)) 
    print random_AA_seq(a) 

Answer 1

Juste

''.join(random.choice(string.ascii_uppercase) for _ in range(3)) 

devraient être bien

Answer 2

Pour enlever les mêmes éléments, il suffit de faire un jeu:

print set(random_AA_seq(a)) 

Pour obtenir toutes permutations possibles, vous pouvez également utiliser itertools ...

from itertools import permutations 

length = 3 
print permutations('ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY', length) 

... et choisir vos 3-mères au hasard par la suite.

Answer 3

Par commentaires:

alphabet = "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY" 
all_trimers = map("".join, itertools.product(* [alphabet] * 3)) 
a_few_distinct_trimers = random.sample(all_trimers, 42) 

Answer 4

réponse Mise à jour, le script suivant retourne une liste de la longueur de les employés de 3M nécessaire. Chaque 3mer se produira dans la liste une fois:

import random 

def random_3mers(length): 
    seqs = set() 

    while len(seqs) < length: 
     seqs.add("".join(random.sample("ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY", 3))) 

    lseqs = list(seqs) 
    random.shuffle(lseqs) 
    return lseqs 

for three_mer in random_3mers(10): 
    print three_mer 

Pour une longueur de 10, le type de sortie suivant est affiché:

MKY 
KWV 
PRY 
WKQ 
YGI 
ANQ 
GFL 
RQE 
SCN 
GRY