nohup pour une commande par lots utilisant "for x in find"

Question

J'essaie d'exécuter un script Python (qTrimHIV.py) sur TOUS les fichiers se terminant par .fastq dans le répertoire courant. Je voudrais ajouter nohup au début afin qu'il fasse tous les fichiers à partir d'une seule commande, et peu importe si je ferme le terminal ou la déconnexion.

La commande individuelle:

for x in $(find . -name '*fastq'); do echo $x; python ../qTrimHIV.py -verbose -fastq $x -l 23 -m 20 -w 23 -o ${x%.fastq*}tr -mode 2; done 

fonctionne bien. Mais quand je mets nohup devant la commande batch:

nohup for x in $(find . -name '*fastq') ; do echo $x; python ../qTrimHIV.py -verbose -fastq $x -l 23 -m 20 -w 23 -o ${x%.fastq*}tr -mode 2; done 
-bash: syntax error near unexpected token `do' 

Je reçois l'erreur ci-dessus.

Cependant, cela fonctionne bien si je mets le nohup avant la commande actuelle "python ../qTrimHIV.py", mais ce n'est pas vraiment ce que je veux, car je veux soumettre la tâche pour tous les fichiers à la fois et faites-le en cours d'exécution jusqu'à ce qu'il soit fait, sans avoir à garder connecté.

J'ai essayé

for x in $(find . -name '*fastq') ; do echo $x; python ../qTrimHIV.py -verbose -fastq $x -l 23 -m 20 -w 23 -o ${x%.fastq*}qtrim -mode 2; done | at now 

mais il ne me permet pas de voir les progrès du travail, et je ne peux pas savoir si il est toujours en cours d'exécution ou non.

Quelqu'un peut-il me donner des suggestions? Dois-je utiliser une commande différente, autre que nohup?

Answer 1

vous pouvez utiliser:

nohup bash -c 'your command, everything including for' 

aussi, pourquoi ne pas exécuter le script shell en utilisant nohup:

nohup <your script>