Transposition et fusion de jeux de données dans R

Question

Je suis sûr qu'il y a des réponses à ma question, mais je n'arrive pas à trouver celle qui fonctionne et je suis absolument nouveau à R, donc excuses pour la redondance!

J'ai donc un énorme ensemble de données - 17K obs avec 35 variables. C'était un fichier txt que j'ai importé et contraint avec as.matrix. La 1ère colonne contient des valeurs de caractères et les 34 autres colonnes ont des valeurs numériques.

Structure -

>str(data_m) 
chr [1:17933, 1:35] "RAB12" "TRIM52" "C1orf86" "PLAC9" "MORN3" "LOC643783" "LOC389541" "OAZ2" ... 
- attr(*, "dimnames")=List of 2 
    ..$ : NULL 
    ..$ : chr [1:35] "Name" "X118" "X12" "X21" ... 

Maintenant, il y a un autre petit jeu de données de forme longue avec 2 colonnes - id et le sexe.

> str(data_maleids) 
'data.frame': 24 obs. of 2 variables: 
$ id : Factor w/ 34 levels "X118","X12","X21",..: 8 23 9 19 10 7 5 4 2 30 ... 
$ gender: Factor w/ 2 levels "female","male": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...` 

Par exemple. -

row.names id gender 
1 1   X37 male 
2 2   X64 male 

Tout ce que je veux faire est de sous-ensemble du 1er jeu de données uniquement pour les ids (X37, X64, etc.) qui sont présents dans le 2ème jeu de données.

J'ai essayé de transposer le plus grand ensemble de données, mais cela me pose des problèmes en termes de noms de colonnes et je n'arrive pas à contourner ce problème.

Answer 1

Le premier commentaire concerne votre instruction "La 1ère colonne a des valeurs de caractères et les 34 autres colonnes ont des valeurs numériques". data_m est une matrice, donc toutes les colonnes sont du même type. Dans ce cas, le caractère. Vous pouvez le voir à partir de la sortie du str(). Pensez à une matrice dans R comme un vecteur qui est organisé en plusieurs colonnes.

Deuxièmement, je vous conseille d'utiliser le paquet data.table (vous devez l'installer si vous ne l'avez pas encore) pour cette tâche. Le croquis de la syntaxe serait quelque chose comme ceci:.

1. Lire les données Il y a une belle fonction fread() dans le package data.table pour lire les données à partir de fichiers texte comme un objet data.table : data_m <- fread("file.name.txt")
2. Key la data_m par la variable id: setkey(data_m, id)
3. Faire un vecteur de ids de la data_maleids: ids <- sort(unique(data_maleids$id)). Choisissez le cas dont vous avez besoin: data_m[id %in% ids].