Python: besoin d'obtenir des énergies de paires de charges

Question

Je suis nouveau sur python. Je dois créer un programme pour un projet qui prend un fichier au format PDB en entrée et retourne une liste de toutes les paires de charges intra-chaînes et inter-chaînes et leurs énergies (en utilisant la loi de Coulomb en supposant une constante diélectrique de () de 40.0). Pour simplifier, les résidus chargés pour ce programme sont juste Arg (CZ), Lys (NZ), Asp (CG) et Glu (CD) avec les atomes portant la charge pour chacun indiqué entre parenthèses. Le programme doit signaler toute interaction attrayante ou répulsive au sein de 8,0 Å.

Voici quelques informations supplémentaires nécessaires pour le programme.

Eij = energy of interaction between atoms i and j in kilocalories/mole (kcals/mol) 
qi = charge for atom i (+1 for Lys or Arg, -1 for Glu or Asp) 
rij = distance between atoms i and j in angstroms using the distance formula 

La sortie doit respecter le format suivant:

First residue : Second residue Distance   Energy 
Lys 10 Chain A: ASP 46 Chain A D= 4.76 ang E= -2.32 kcals/mol 

(Pour une raison quelconque, je ne peux pas organiser les deux premières lignes, mais la première ligne doit être des étiquettes et en dessous les valeurs correspondantes Je n'ai vraiment aucune idée de la façon de résoudre ce problème, toute aide est grandement appréciée. J'espère que c'est le bon endroit à demander. Merci d'avance.

utilisant python 2,5

Answer 1

Où exactement est votre problème? Votre description est beaucoup trop générale.

L'idée générale est la suivante:

• Chargez le fichier PDB et analyser chaque ligne.
• Cela vous donnera une liste d'atomes et leur (x, y, z) positions.
• Effectuez une itération sur la liste dans une boucle imbriquée pour comparer chaque atome entre eux.
• Calculez la distance de la paire d'atomes.
• Si leur distance est inférieure à 8,0 Å, calculer leurs charges.

Answer 2

Avez-vous regardé des solutions déjà faites?

http://biopython.org/wiki/Biopython

http://pymmlib.sourceforge.net/

si vous voulez rouler votre propre, vous avez l'outil analyseur format de base de données (ce qui est trivial). Ensuite, quelque chose comme cette structure en supposant est en atomes (je sais que ce n'est pas ce que vous après, mais peut-être cela donnera l'idée comment le faire):

for i in range(len(atoms)): 
    for j in range(i): 
     r = distance(i,j) 
     if r < 8: Q += (atoms[i].q * atoms[j].q)/r 

cependant, vous devez être prudent avec hydrogènes souvent, ils ne sont pas fournis explicitement, en particulier avec des données RMN