Comment réparer un bogue dans un paquet R open source?

Question

Je voudrais réparer un paquet, mais je ne sais pas comment le modifier. Je peux download the source from R-Forge comme un .tar.gz et décompressez-le. Il y a un répertoire "R" avec la source et aussi un répertoire "tests".

Comment inclure les sources dans mon propre projet pour tester mes modifications?

Comment exécuter les tests? Les tests commencent chacun avec "library (buvard)". Comment puis-je charger la bibliothèque à partir des sources que j'ai téléchargées.

Answer 1

Je trouve que je pouvais charger toutes les sources pour me sauver du ridicule remballage en faisant:

for (file in dir("../R", pattern="*.R", full.names=TRUE)) { 
    source(file) 
} 

Answer 2

Ce que j'ai fait est le suivant (IIRC) enlever l'ancien paquet remove.packages. Re zip votre nouveau paquet dans un fichier tar.gz (avec vos sources modifiées). Installez le nouveau package avec install.packages avec pkg = chemin vers votre bibliothèque compressée, et repos = NULL.

Answer 3

Le processus recommandé est décrit en détail dans le manuel 'Writing R Extensions' fourni avec votre installation R.

Il existe également de nombreux didacticiels sur le Web.

Answer 4

Pas besoin de re-zip la source. Il suffit de charger à nouveau le paquet de la source sur votre disque:

install.packages(/path/to/package, repos = NULL, type="source") 

votre méthode de faire la boucle en boucle à travers les fichiers R fonctionnera dans certaines situations, mais dans d'autres, il ne peut pas. Par exemple, s'il existe du code non R compilé, la mise en boucle sur les fichiers * .R peut ne pas fonctionner correctement. Il est donc généralement préférable d'installer à nouveau install.packages(). Par ailleurs, si vous clonez un repo de contrôle de version sur votre disque dur, vous n'obtenez généralement pas le fichier zip. Donc, la même méthode est utilisée pour installer.

Answer 5

Quand je fais des tests sur un paquet, utiliser un petit script bash qui ressemble à ceci:

#!/bin/bash 
#build the package from source 
R CMD build ../pkgdirectory/ 
#remove the old version and install the new one 
R CMD REMOVE pkgname 
R CMD INSTALL pkgname_0.7.tar.gz 

Remplacer le nom du paquet avec les noms appropriés. Enregistrez-le en tant que "make", puis exécutez-le chaque fois que vous avez terminé une modification majeure. Ensuite, vos scripts de test peuvent utiliser library (pkgname) comme d'habitude.