R/igraph: tout appel pour obtenir/définir l'attribut vertex dans un callback profondeur-première-recherche provoque un segfault

Question

Je trouve que tout appel pour obtenir/définir l'attribut vertex en utilisant la bibliothèque igraph dans le callback provoque un segfault dans R . Par exemple, le rappel trivial d'un segment de code:

dfsCallBack <- function(graph, data, extra) { 
    cat("in:", paste(collapse=", ", data), "\n") 
    distFromRoot <- data[2] 
    vertexID <- data[1] 
    set.vertex.attribute(graph, 0, name = 'color', value = 'blue') 
    FALSE  
    } 
    graph.dfs(g, 1, in.callback = dfsCallBack) 

Produit cette erreur:

graph.dfs(g, 1, in.callback = dfsCallBack) 
in: 0, 0 

*** caught segfault *** 
address 0x0, cause 'memory not mapped' 

Traceback: 
1: .Call("R_igraph_dfs", graph, root, neimode, unreachable, as.logical(order),  as.logical(order.out), as.logical(father), as.logical(dist),  in.callback, out.callback, extra, rho, PACKAGE = "igraph") 
2: graph.dfs(g, 1, in.callback = dfsCallBack) 

Possible actions: 
1: abort (with core dump, if enabled) 
2: normal R exit 
3: exit R without saving workspace 
4: exit R saving workspace 
Selection: 

Quel est le problème ici? En outre, igraph devrait probablement être plus robuste dans le traitement de ces erreurs, l'écrasement de R n'est pas idéal pour un langage de haut niveau comme R.

Answer 1

Quelques points.

1. Si vous dites set.vertex.attribute(graph, ...), est en fait pas changé, mais une nouvelle copie est retourné avec l'attribut mis à jour. Les objets R sont (presque toujours) immuables, vous ne pouvez pas les modifier, mais seulement créer de nouveaux objets basés sur eux.

2. set.vertex.attribute(graph, 0, name = 'color', value = 'blue') est erroné, car les identifiants de sommet commencent à 1, donc le 0 est invalide. Cela devrait être signalé comme une erreur, et a déjà été corrigé dans notre arbre de développement.

3. Ce n'est pas une erreur, c'est un bug. Les erreurs igraph ne plantent pas R, elles donnent simplement un message d'erreur. Parce que le code igraph et R s'exécutent dans le même thread, les bugs d'igraph peuvent provoquer un crash de R, et en plus d'éviter les bugs, nous ne pouvons pas faire grand-chose à ce sujet.

Je suggère d'utiliser les résultats de igraph.dfs pour définir les attributs de manière appropriée. Vous pouvez bien sûr utiliser le rappel pour enregistrer des informations ou pour terminer le DFS.