2017-05-07 1 views
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J'ai un ensemble de données énorme avec plus de millions de noeuds, arêtes et communautés. Quelle est la meilleure façon de tracer un graphique de réseau qui montre les clusters. J'ai essayé Cytoscape en utilisant mais cela ne semble pas fournir ce que je cherche.Meilleure façon de tracer le réseau en cluster

J'essaie de trouver un meilleur moyen de programmer en Python pour tracer un graphe de cluster.

Toutes les suggestions sont appréciés ... Merci à l'avance

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Avez-vous _really_ vouloir tracer? Si le réseau a une bonne modularité, vous pouvez extraire les communautés et construire un graphe induit, où les communautés sont représentées comme des nœuds. – DyZ

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@DYZ Je dois tracer le graphique de façon peut-être mieux visible. Comme je l'ai mentionné, j'ai un énorme ensemble de données (taille supérieure à 2 Go) –

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Tracer d'énormes réseaux n'est jamais un moyen éclairant d'en apprendre davantage à leur sujet. Qu'est-ce que vous êtes vraiment seulement une boule de poils. Comme l'a dit @DYZ, il est préférable de tracer un graphique induit. – Peaceful

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Vous avez signalé votre message avec NetworkX. Avez-vous essayé les fonctions de dessin intégrées avec Matplotlib? Voir la documentation here. Cependant, même là, ils recommandent fortement des logiciels spécialisés tels que Cytoscape, Gephi ou Graphviz.

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Je suis ouvert à toutes les suggestions que je ne vois pas dans bonne direction. J'ai utilisé Networkx coz inclus J'essayais de travailler avec networkx après Cytoscape n'a pas pu aider. Je vais vérifier les autres outils aussi .. Merci pour les suggestions .. –

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Networkx est certainement un excellent outil pour les analyses de réseaux et de graphiques. Puisque vous êtes intéressé par les clusters de votre réseau, vous pouvez utiliser 'networkx.connected_components' et' networkx.subgraph'. –

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Merci beaucoup pour les suggestions .. –