Biopython, PYTHONPATH, problèmes de trouver des modules

J'ai installé Biopython, mais je suis incapable d'obtenir l'ordinateur pour reconnaître les modules. Par exemple, je crée un fichier texte dans Komodo comme ceci:Biopython, PYTHONPATH, problèmes de trouver des modules

from Bio.Alphabet import IUPAC 
from Bio import Seq 
my_prot=Seq.Seq("AGTACACTGGT",IUPAC.protein)

et l'exécuter dans le terminal et recevoir:

Traceback (most recent call last): 
    File "bio.py", line 1, in <module> 
    from Bio.Alphabet import IUPAC 
ImportError: No module named Bio.Alphabet

Pour mémoire, je ne peux pas les modules à importer en mode interactif non plus. La documentation indique que je peux ajouter le chemin de recherche de module en exportant vers une variable d'environnement appelée PYTHONPATH (comme avec PATH), mais quand je tape 'env' dans le terminal, je ne vois aucune variable environnementale de la sorte. Je suis un biologiste - pas un informaticien ou un programmeur. S'il vous plaît, supportez ma naïveté si cela semble être un non-sens.

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2012-06-25 Guy Fleegman

Vous devez trouver dans quel répertoire situé le module dont vous avez besoin (Bio), puis ajouter le chemin d'accès au répertoire à PYTHONPATH.

$ export PYTHONPATH=/usr/local/bio-python/

Au lieu de /usr/local/bio-python/ vous devez indiquer le chemin que vous avez trouvé.

Pour trouver le module, vous devez utiliser quelque chose comme:

$ find/-name \*Bio\*

qui est juste un exemple. Bien sûr, il serait préférable que vous fournissiez des informations supplémentaires (par exemple, où vous avez installé le module, etc.).

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2012-06-25 16:06:26

Ah, OK. On dirait que je l'ai fait fonctionner en réglant mon PYTHONPATH de la même manière que je définirais un PATH. Ma question est maintenant: comment puis-je faire en sorte que je n'ai pas à réaffecter la variable PYTHONPATH chaque fois que je commence bash? –

Il existe plusieurs options. Le premier: vous pouvez ajouter 'exporter PYTHONPATH =/usr/local/bio-python /' dans ~/.bash_profile'. Le second: vous pouvez modifier votre script de telle sorte qu'il ajoutera automatiquement le répertoire PATH ('sys.path'). Il y a d'autres façons aussi. –

Merci encore, Igor. J'ai modifié mon .bash_profile pour inclure l'exportation de mon PYTHONPATH. Les nuages se sont séparés. –

-2

Appuyez sur le bouton de démarrage, faites un clic droit sur mon ordinateur, sélectionnez les propriétés, allez à avancé, cliquez sur variables d'environnement. Ensuite, trouvez votre variable de chemin, et modifiez-la en ajoutant un point-virgule, puis votre chemin. Par exemple, si ma variable de chemin est pour le moment "C: \ Program Files \ Java \ jdk1.7.0_02 \ bin", je peux la remplacer par "C: \ Program Files \ Java \ jdk1.7.0_02 \ bin; METTEZ LE CHEMIN ICI) "

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2012-06-25 16:06:38

Merci Adam. Je suis en train de lancer un terminal sous OS X, mais je le garderai à l'esprit si je dois modifier les paramètres PATH sur un PC Windows. –

Biopython, PYTHONPATH, problèmes de trouver des modules

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