automatiser l'entrée à la requête de l'utilisateur dans R

Question

Je m'excuse si cette question a été posée avec la terminologie que je ne reconnais pas, mais il ne semble pas être.

J'utilise la fonction comm2sci dans la bibliothèque taxize pour rechercher les noms scientifiques d'une base de données de plus de 120 000 lignes de noms communs. Voici un sous-ensemble de 10:

commnames <- c("WESTERN CAPERCAILLIE", "AARDVARK", "AARDWOLF", "ABACO ISLAND BOA", 
"ABBOTT'S DAY GECKO", "ABDIM'S STORK", "ABRONIA GRAMINEA", "ABYSSINIAN BLUE 
WINGED GOOSE", 
"ABYSSINIAN CAT", "ABYSSINIAN GROUND HORNBILL") 

Lors de la recherche avec la base de données NCBI dans cette fonction, il demande l'entrée d'utilisateur si le nom commun est générique/général et non des espèces spécifiques, par exemple l'appel suivant demandera clarification pour "AARDVARK" en entrant "1", "2" ou "return" pour "NA".

install.packages("taxize") 
library(taxize) 
ncbioutput <- comm2sci(commnames, db = "ncbi")###querying ncbi database 

À cause de cela, je ne peux pas compter sur cette fonction pour trouver les noms des espèces 120000 sans moi assis et en entrant « retour » toutes les quelques minutes. Je sais que cette question est spécifique à taxize - mais j'ai déjà eu cette situation dans le passé avec d'autres fonctions. Ma question est la suivante: existe-t-il un moyen général de placer l'appel comm2sci dans une instruction conditionnelle qui renverra une valeur spécifique lorsque l'utilisateur est invité à entrer? Ou sinon écrire une fonction qui retournera une entrée lorsque vous y êtes invité?

Toutes les recherches liées à ce point indiquent comment demander une entrée utilisateur, mais pas comment remplacer les requêtes utilisateur. Ce sont deux des fils de questions que j'ai trouvés, mais je n'arrive pas à les appliquer à ma situation: Make R wait for console input?, Switch R script from non-interactive to interactive

J'espère que c'était clair. Merci beaucoup pour votre temps!

Answer 1

Ainsi, les fonctions get_*, utilisées en interne, demandent toutes par défaut une entrée utilisateur lorsqu'il y a> 1 option. Mais, toutes ces fonctions ont une fonction soeur avec un trait de soulignement, par exemple, get_uid_ qui ne demande pas d'entrée, et retourne toutes les données. Vous pouvez l'utiliser pour obtenir toutes les données, puis les traiter comme bon vous semble.

apporté quelques modifications à comm2sci, donc première mise à jour: devtools::install_github("ropensci/taxize")

Voici un exemple.

library(taxize) 
commnames <- c("WESTERN CAPERCAILLIE", "AARDVARK", "AARDWOLF", "ABACO ISLAND BOA", 
       "ABBOTT'S DAY GECKO", "ABDIM'S STORK", "ABRONIA GRAMINEA", 
       "ABYSSINIAN BLUE WINGED GOOSE", 
       "ABYSSINIAN CAT", "ABYSSINIAN GROUND HORNBILL") 

Utilisez ensuite get_uid_ pour obtenir toutes les données

ids <- get_uid_(commnames) 

traiter les résultats en ids que vous le souhaitez. Ici, par souci de concision, nous allons simplement prendre la première rangée de chaque

ids <- lapply(ids, function(z) z[1,]) 

saisir ensuite les UID sur

ids <- as.uid(unname(vapply(ids, "[[", "", "uid")), check = FALSE) 

et passer à comm2sci

comm2sci(ids) 

$`100830` 
[1] "Tetrao urogallus" 

$`9818` 
[1] "Orycteropus afer" 

$`9680` 
[1] "Proteles cristatus" 

$`51745` 
[1] "Chilabothrus exsul" 

$`8565` 
[1] "Gekko" 

$`39789` 
[1] "Ciconia abdimii" 

$`278977` 
[1] "Abronia graminea" 

$`8865` 
[1] "Cyanochen cyanopterus" 

$`9685` 
[1] "Felis catus" 

$`153643` 
[1] "Bucorvus abyssinicus" 

Notez que renvoie les noms communs NCBI de get_uid/get_uid_, de sorte que vous pouvez simplement aller de l'avant et les retirer si vous voulez