Remplissez certains indices d'un tableau 3d numpy

Question

J'ai une liste d'indices aime ça:

selected_coords = [[1, 8, 30], [15, 4, 6] ,...] 

Et une liste de valeurs comme ceci:

differences = [1, 5, 8, 2, ...] 

deux ont 500 entrées. Maintenant, je veux remplir un tableau numpy 3d avec ces valeurs sur l'index de droite. Ce que j'ai essayé de faire est la suivante:

brain_map = np.zeros(shape=(48,60,22)) 

for i, index in enumerate(selected_coords): 
    ind = list(map(int, index)) 
    brain_map[ind] = differences[i] 

Si j'imprimer l'index et la valeur dans cette boucle, je reçois le format, mais si j'imprime la matrice après la boucle, il semble que les valeurs ont été mises là-bas plusieurs fois au lieu de seulement sur les indices spécifiés. Qu'est-ce que je fais mal?

Answer 1

Vous devriez éviter de faire une boucle sur des tableaux chiffrés autant que possible, sinon vous perdez des performances. Vous pouvez utiliser advanced ("fancy") indexing pour indexer un sous-ensemble d'éléments à des index spécifiques. Cela fonctionne comme ceci:

brain_map[ind_x,ind_y,ind_z] = vals 

où ind_x, ind_y, ind_z et vals sont tous 1d tableau-goûts de la même longueur. Ce que vous avez est essentiellement la transposition de vos tableaux d'index:

brain_map[tuple(zip(*selected_coords))] = differences 

L'astuce zip(*) essentiellement votre liste transpose des listes, qui peuvent ensuite être transmis comme tuple pour l'indexation. Par exemple:

>>> import numpy as np 
>>> M = np.random.rand(2,3,4) 
>>> coords = [[0,1,2],[1,2,3]] 
>>> tuple(zip(*coords)) 
((0, 1), (1, 2), (2, 3)) 
>>> M[tuple(zip(*coords))] 
array([ 0.12299864, 0.76461622]) 
>>> M[0,1,2],M[1,2,3] 
(0.12299863762892316, 0.76461622348724623)