Dans tout mon code, je toujours créer soit tous les compteurs ou les supprimer, mais jamais les modifier pour ajouter un seul. Ce n'est généralement pas la chose à faire car les compteurs de perf sont généralement installés une seule fois dans le cadre de l'installation d'une application, ou supprimés une fois l'application supprimée. Encore une fois, j'ai normalement une classe d'installateur afin que je puisse lancer InstallUtil dessus et que les compteurs soient ajoutés ou supprimés.
Pour répondre à votre question, je ne pense pas que vous pouvez les manipuler individuellement. La classe PerformanceCounterCategory semble autoriser la création et la suppression, ainsi que la possibilité d'obtenir les compteurs associés, mais pas de les modifier et de réappliquer.
Je pense que ce serait une mauvaise approche de toute façon car cela impose un fardeau supplémentaire dans le code pour gérer cela. Il suffit de désinstaller et réinstaller si nécessaire et avoir une classe d'installateur rend cela très facile.