pearson corrélation

Question

J'ai dataframe comme suit:

x <- data.frame(Name=c("a", "b","c", "d", "e"),A=(1:5), B=(2:6), C=(7:11), D=c(1,1,1,1,1)) 

Je veux obtenir un dataframe y compris tous les coefficients de pearson d'un contre b, un vs c, un vs d, un vs e, b vs un , b vs c, b vs d, b vs e .... etc (à l'exclusion des auto-comparaisons, c'est-à-dire aa, bb, etc).

En mots d'ordre, je veux changer la trame de données

  A B C D 
a 1 2 7 1 
b 2 3 8 1 
c 3 4 9 1 
d 4 5 10 1 
e 5 6 11 1 

à un résultat comme celui-ci dataframe

a b 0.989143436 
a c 0.963282002 
a d 0.93048421 
a e 0.89585579 
b c 0.9922798 
b d 0.974216034 
b e 0.951427811 
c d 0.994675789 
c e 0.982264673 
d e 0.996357429 

suivant Pls demander de bien vouloir moyen efficace de le faire.

EDIT

Merci pour l'aide de Michaelv2.

Basé sur le code proposé, je trouve les résultats sont les suivants:

X1 X2 value 
1 A A  1 
2 B A  1 
3 C A  1 
4 D A NA 
5 A B  1 
6 B B  1 
7 C B  1 
8 D B NA 
9 A C  1 
10 B C  1 
11 C C  1 
12 D C NA 
13 A D NA 
14 B D NA 
15 C D NA 
16 D D  1 

Le message d'erreur est " message d'avertissement: Dans cor (x [2: 5], method = "pearson"): l'écart-type est zéro "

Il me semble que j'ai peut-être mal utilisé le code, pourriez-vous nous donner des instructions pour résoudre ce problème? Je vous remercie.

Answer 1

Vous pouvez utiliser quelque chose comme ce qui suit:

require(reshape) 

y <- as.data.frame(t(x[2:5]), stringsAsFactors=FALSE) 
colnames(y) <- x[[1]] 

yrho <- melt(cor(y, method="pearson")) 
subset(yrho, yrho$X1 != yrho$X2) 

Résultat:

X1 X2  value 
2 b a 0.9891434 
3 c a 0.9632820 
4 d a 0.9304842 
5 e a 0.8958558 
6 a b 0.9891434 
8 c b 0.9922798 
9 d b 0.9742160 
10 e b 0.9514278 
11 a c 0.9632820 
12 b c 0.9922798 
14 d c 0.9946758 
15 e c 0.9822647 
16 a d 0.9304842 
17 b d 0.9742160 
18 c d 0.9946758 
20 e d 0.9963574 
21 a e 0.8958558 
22 b e 0.9514278 
23 c e 0.9822647 
24 d e 0.9963574