Comment colorer le code de dispersion de PCoA

Question

Donc je suis nouveau à ceci. Je dois exécuter PCoA sur la matrice de données suivante. Je suis capable d'exécuter mes analyses en utilisant les logiciels ADE4, labdsv, Ginko, Aabel. Ce qui me dérange, c'est comment coder en couleur les étiquettes dans le nuage de points. Ma matrice est une présence/matrice d'absence dans l'ordre:

SpecieName Value1 Value2 
A1   0  1 
A2   1  1 
A3   1  1 
B1   0  0 
B2   0  1 
E1   1  0 
E2   0  0 

Ce que je veux représenter A1, A2 et A3 en rouge, et B1B2 en bleu et tous les E ceux en noir. Toute aide serait appréciée.

Answer 1

Il suffit de passer un facteur qui indique ces groupes à la commande de traçage:

data = read.table('data.txt', header=T) 

data.pca = prcomp(data[,-1]) 

groups = factor(gsub('(.).', '\\1', data$SpecieName)) 

plot(data.pca$x, col=groups) 

Aussi, si vous souhaitez définir spécifiques couleurs, vous pouvez toujours l'index dans une liste personnalisée De la même manière:

cols = c('red', 'blue', 'black')[groups] 
plot(data.pca$x, col=cols)