Comment exporter des coordonnées de pixels d'objets ponctuels à partir d'une image (avec imagej?)

Question

Je suis sur un projet où je suis intéressé par l'espacement & la distribution de points d'objets dans une image de microscope. Ainsi, l'image consiste en des petits points circulaires plus foncés provenant d'un arrière-plan plutôt complexe. Ce serait bien de faire cela automatiquement avec un script d'extraction de fonction un jour, mais pour l'instant je ne fais que choisir les points ... Parce que je fais confiance à mes propres yeux :)

J'ai regardé à travers quelques logiciels différents et jusqu'ici j'ai aimé l'imagej, qui a une caractéristique de sélection multipoint de . Mais je ne pouvais pas comprendre après avoir sélectionné les points à la main, comment exporter les coordonnées. Tout ce dont j'ai besoin est le X et Y pour chaque point (pour environ cent points pour chaque image).

Des pointeurs?

Ou si vous avez des idées alternatives sur la façon de le faire, me suggérer un autre programme (matlab?), Ou me diriger vers d'autres lectures, même utiles, etc ...

Merci énormément!

Answer 1

OK. Avec un peu d'aide j'ai découvert que je peux le faire avec juste CTRL-M dans l'imagej ...

Answer 2

Bien qu'il ne semble pas être le même processus que vous êtes après il y a quelque chose de similaire écrit dans ImageJ pour analyser « » Dot Blots

http://image.bio.methods.free.fr/dotblot.html

Il a un certain nombre de méthodes pour identifier les points et peut également exporter les résultats au format CSV. Le code lui-même est disponible au bas de la page ci-dessus, donc vous devriez être capable de travailler avec si vous êtes intéressé par l'automatisation.