perl: recherche de fenêtre glissante le long du réseau de mailles

Question

J'essaie finalement de combiner trois tableaux de lettres en utilisant List::MoreUtils::mesh, de sorte que je puisse ensuite comparer chaque position parmi les séquences. Par exemple, si j'ai trois fichiers qui ressemblent à:

>file_1 
    TAGCTAGCCAGC-T 

la première comparaison serait entre TTT (ce compterait comme aucune substitution). Si les premières lettres sont TAA, cela compterait comme une substitution. Le premier défi consiste à comparer les trois lettres correspondantes.

Voici mon code à ce jour:

use strict; 
    use warnings; 
    use List::MoreUtils qw{mesh}; 

    open (SEQ_ONE, "<", "/path/to/file_1.txt") or die $!; 
    open (SEQ_TWO, "<", "/path/to/file_2.txt") or die $!; 
    open (REFERENCE, "<", "/path/to/reference_sequence.txt") or die $!; 

    my @first; 
    my @second; 
    my @reference; 
    my @combined; 
    my $sequence; 
    my $secondsequence; 
    my $thirdsequence; 
    my $windowsize = 3; 
    my $step = 3; 

    while (my $line = <SEQ_ONE>){ 
      chomp $line; 
      if ($line !~ /^>+/) { 
        $sequence .= $line; 
      } 
      @first = split //, $sequence; 
    } 

    while (my $secondline = <SEQ_TWO>){ 
      chomp $secondline; 
      if ($secondline !~ /^>+/){ 
        $secondsequence .= $secondline; 
      } 
      @second = split //, $secondsequence; 
    } 

    while (my $thirdline = <REFERENCE>){ 
      chomp $thirdline; 
      if ($thirdline !~ /^>+/){ 
        $thirdsequence .= $thirdline; 
      } 
      @reference = split //, $thirdsequence; 
    } 

    @combined = mesh @reference, @first, @second; 
    my $list = "@combined"; 

    for (my $windowstart = 0; $windowstart <= (length($list) - $windowsize); $windowstart += $step){ 
      my $windowSeq = substr($list, $windowstart, $windowsize); 
      print $windowSeq, "\n"; 
    } 

Cela semble briser les lettres en morceaux de lettres, en alternance dans des longueurs de 2 et 1 lettres. Sortie pour le code ci-dessus ressemble à:

T T 
    T 
    A A 
    A 
    G G 
    G 

J'ai expérimenté avec différentes tailles de fenêtres et de l'étape, mais je ne peut toujours pas obtenir la sortie désirée de trois lettres séparées à la fois. Je suis proche, mais pas tout à fait là. Merci pour l'aide.

Answer 1

L'instruction my $list = "@combined"; génère une chaîne qui contient des éléments de tableau et des espaces ajoutés entre eux. Cela rejette complètement le traitement substr ci-dessous. La double-citation d'un tableau ("@array") est une commodité qui, une fois imprimée, est plus facile à lire. Ici vous voulez

my $list = join '', @combined;