Transférer la mise en page de networkx à cytoscape

Question

Je souhaite utiliser networkx pour générer une mise en page pour un graphique. Est-il possible de transférer cette mise en page à cytoscape et de l'y dessiner? J'ai essayé d'écrire simplement un graphique comme

import networkx as nx 
G = nx.Graph() 
G.add_edge(0,1,weight=.1) 
G.add_edge(2,1,weight=.2) 
nx.write_gml(G,'g.gml') 
nx.write_graphml(G,'g.xml') 

Mais ni l'un ni l'autre n'est lu dans cytoscape. Je ne suis pas sûr de savoir comment transférer le graphique dans un format qui peut inclure des positions.

Answer 1

Votre fichier GraphML g.xml a l'air bien, et se charge dans Cytoscape pour moi (je suis sur un Mac). Avez-vous installé le plugin graphmlreader?

Sinon, téléchargez-le et déposez-le dans votre dossier plugins, puis redémarrez Cytoscape et essayez à nouveau de charger le réseau g.xml.

Mise à jour Voici un code pour ajouter l'aspect graphique et le positionnement à un graphique networkx. Il est un peu bavard, et vous pouvez être en mesure d'omettre certains des attributs en fonction de vos besoins:

import networkx as nx 

G = nx.Graph() 
G.add_edge(0, 1, weight=0.1, label='edge', graphics={ 
    'width': 1.0, 'fill': '"#0000ff"', 'type': '"line"', 'Line': [], 
    'source_arrow': 0, 'target_arrow': 0}) 
nx.set_node_attributes(G, 'graphics', { 
    0: {'x': -85.0, 'y': -97.0, 'w': 20.0, 'h': 20.0, 
     'type': '"ellipse"', 'fill': '"#889999"', 'outline': '"#666666"', 
     'outline_width': 1.0}, 
    1: {'x': -16.0, 'y': -1.0, 'w': 40.0, 'h': 40.0, 
     'type': '"ellipse"', 'fill': '"#ff9999"', 'outline': '"#666666"', 
     'outline_width': 1.0} 
    }) 
nx.set_node_attributes(G, 'label', {0: "0", 1: "1"}) 
nx.write_gml(G, 'network.gml') 

Résultat: