2011-07-27 2 views
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Je cherche à installer rpy2 en utilisant pip avec:erreur installation rpy2 sur OS X 10.6: impossible d'exécuter gcc 4.0

$ sudo pip install rpy2 

qui sort avec une erreur:

gcc-4.0 -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -arch ppc -arch i386 -g -O2 -DNDEBUG -g -O3 -DR_INTERFACE_PTRS=1 -DHAVE_POSIX_SIGJMP=1 -DCSTACK_DEFNS=1 -DRIF_HAS_RSIGHAND=1 -I./rpy/rinterface -I/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7 -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -I/opt/local/lib/R/include -c ./rpy/rinterface/_rinterface.c -o build/temp.macosx-10.3-fat-2.7/./rpy/rinterface/_rinterface.o 

    unable to execute gcc-4.0: No such file or directory 

    error: command 'gcc-4.0' failed with exit status 1 

J'ai essayé Pour installer également rpy2 avec macports, l'installation est terminée, mais rpy2 ne sera pas importé. J'ai installé XCode, version 4.0.2 Build 4A2002a, et gcc est installé.

$ which gcc 

retours:

/usr/bin/gcc 

et

$ gcc 

retourne:

i686-apple-darwin10-gcc-4.2.1: no input files 

Il semble qu'il est à la recherche d'une ancienne version de gcc et je ne sais pas comment le pointer dans le bon endroit e. Toute aide serait grandement appréciée.

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:: HACK AVERTISSEMENT ::

Cela peut provoquer quelque chose à briser dans l'avenir, mais si vous ne pensez pas que la version de gcc qui compile votre rpy2 fait une différence, vous pouvez créer un lien symbolique nommé /usr/bin/gcc-4.0 pointant vers/usr/bin/gcc, puis réessayez d'installer le pip

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Il semble penser que vous utilisez OSX 10.3: build/temp.macosx-10.3, ce qui pourrait être la raison pour laquelle il essaie de chercher un vieux compilateur gcc.

Vous devriez être en mesure de remplacer le compilateur avec l'environnement CC:

export CC=gcc 
pip install rpy2 

Je pense qu'il est un typical distutils issue.

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Remerciez est pour l'aide. J'ai suivi votre lien et a atterri [ici] (http://stackoverflow.com/questions/5967065/python-distutils-not-using-correct-version-of-gcc/5968410#5968410). Cependant, je ne pouvais pas faire fonctionner ça. Dans un environnement de python, je reçois: >>> de distutils importer sysconfig >>> sysconfig.get_config_var ('LDSHARED') 'gcc 4.0 -bundle -undefined dynamic_lookup -arch ppc -arch i386 -g' > >> sysconfig.get_config_var ('CC') 'gcc-4.0' (Désolé, la mise en forme ne semble pas fonctionner), mais je semble incapable de changer la variable 'CC' – user865819

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Si cela aide, j'ai résolu ce problème avec des liens symboliques, et je pense que cela fonctionnera pour vous. J'ai écrit ceci avec ma version de gcc dans l'esprit, qui est 4.2:

cd /usr/bin 
rm cc gcc c++ g++ 
ln -s gcc-4.2 cc 
ln -s gcc-4.2 gcc 
ln -s c++-4.2 c++ 
ln -s g++-4.2 g++ 
ln -s gcc-4.2 gcc-4.0 

There ya go!

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Une idée rappelle gcc 4.0 au drapeau de gcc par défaut:

sudo ln -s /usr/bin/gcc /usr/bin/gcc-4.0