Erreur installation rmysql sur OS X

Question

Je suis en cours d'exécution dans un problème d'installer le package RMySQL sur OS X. L'installation de paquetages semble fonctionner, mais lors du chargement de l'emballage est testé, il échoue invariablement:

 
* installing *source* package ‘RMySQL’ ... 
. 
.(omitted for brevity. see the gist linked below for the full installation log) 
. 
** testing if installed package can be loaded 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details: 
    call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
    error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RMySQL/libs/i386/RMySQL.so': 
    dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RMySQL/libs/i386/RMySQL.so, 6): Symbol not found: _mysql_affected_rows 
    Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RMySQL/libs/i386/RMySQL.so 
    Expected in: flat namespace 
in /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RMySQL/libs/i386/RMySQL.so 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RMySQL’ 

Le plein le journal d'installation peut être trouvé sur ce gist.

Cela semble avoir quelque chose à voir avec l'exécution de R en 32 bits par rapport au mode 64 bits. Je l'ai lu et essayé tout ce en vain:

• RMySQL with 64-bit R on Mac OS X
• RMySQL INSTALL instructions
• INSTALLING 64 AND 32-BIT PACKAGES IN R ON A MAC

Informations système:

• R 2.15.2
• OS X 10.8.3 (Montagne Lio n)
• MySQL 5.1.45
• XCode 3.2

Answer 1

Jetez un oeil à cette note de Simon Urbanek sur la liste R-sig-Mac en Février:

https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2013-February/009967.html

" Ah, attendez - vous êtes sur Mountain Lion et vous avez peut-être installé R avec 32 bits par défaut puisque 10.8 a été omis de la liste des systèmes 64 bits supportés à ce moment - essayez d'installer R 2.15.3 RC de http://r.research.att.com/ "

Vous devez également vous assurer que la version RMySQL est appropriée pour la version 2.15 puisque CRAN devrait maintenant servir une version qui s'attend à ce que R 3.0.0 soit en cours d'exécution. En fait cela ne devrait pas être le problème puisque RMySQL_0.9-3 est dans le tronc de binaires 2.15 au miroir UCB CRAN: http://cran.cnr.berkeley.edu/bin/macosx/leopard/contrib/2.15/RMySQL_0.9-3.tgz

Answer 2

Je viens de trouver une solution à ce problème. Ma version R est

> R.version   _ 
platform  x86_64-apple-darwin12.4.0 
arch   x86_64 
os    darwin12.4.0 
system   x86_64, darwin12.4.0 
status 
major   3 
minor   0.1 
year   2013 
month   05 
day   16 
svn rev  62743 
language  R 
version.string R version 3.0.1 (2013-05-16) 
nickname  Good Sport 

Tout ce que je devais faire était copier le libmysqlclient lib au R lib dir.

Vous pouvez trouver un guide étape par étape here et here