Détermination de la hauteur de grappage du dendrogramme - R

Question

En R, le dendrogramme en grappes est représenté par des valeurs d'axe y - 0-4.

• Comment puis-je déterminer la hauteur exacte de différents groupes? Certains d'entre eux sont entre deux nombres.

• De plus, je souhaite séparer automatiquement les groupes de données regroupés dans le graphique. Je suis tombé sur la fonction cutree mais je dois lui passer explicitement la valeur de k, h. Est-il possible d'effectuer la séparation sans passer les valeurs manuellement?

Answer 1

Pour obtenir les hauteurs de coupes différentes, vous pouvez utiliser le package dendextend, avec la fonction heights_per_k.dendrogram. Par exemple:

hc <- hclust(dist(USArrests[1:4,]), "ave") 
dend <- as.dendrogram(hc) 
heights_per_k.dendrogram(dend) 
##  1  2  3  4 
##86.47086 68.84745 45.98871 28.36531 

Quant à votre deuxième question: si vous ne dites pas cutree combien de groupes que vous voulez, il ne saura pas combien pour vous donner.