Impossible de spécifier type = "response" dans la fonction de prédiction de Caret

Question

J'essaie de tracer une courbe ROC pour mon modèle de régression glmnet. Pour ce faire, je suis en train de prédire en utilisant le type = « réponse » en prédire la fonction:

pred_glmnet_s10_2class <- predict(model_train_glmnet_s10_2class, 
            newdata=testing_s10_2class, 
            s = "model_train_glmnet_s10_2class$finalModel$lambdaOpt", 
            type="response") 

et je reçois l'erreur suivante:

Error in predict.train(model_train_glmnet_s10_2class, newdata = testing_s10_2class, : type must be either "raw" or "prob"

Mes prédictions et les étiquettes de classe sont binaires 0 et 1 et ont été factorisés. Toute aide est vraiment appréciée. En outre, des idées sur la façon de tracer AUC (zone sous courbe ROC) vs nombre de fonctionnalités? Merci!

Answer 1

En supposant que model_train_glmnet_s10_2class a été générée par train (montrant le code serait utile) ...

L'utilisation predict(model_train_glmnet_s10_2class) utilise predict.train et utilise les valeurs optimales lambda déterminées par train automatiquement. Si vous voulez les probabilités, utilisez simplement type = "prob". Votre syntaxe est compatible avec predict.glmnet et non predict.train.

Comme indiqué dans la documentation, il est une très mauvaise idée d'utiliser model_train_glmnet_s10_2class$finalModel directement pour faire les prédictions