J'ai deux ensembles de données que je voudrais étudier. La première concerne les données relatives au gène/génome, qui sont attribuées à différents «états de cellules». Le deuxième ensemble de données concerne les gènes d'une voie biologique. Je crois ma question est un relationnel db un.
'Comment puis-je montrer les données liées à une base de données et les relier à une autre. En d'autres termes, je veux représenter graphiquement les données de l'état de la cellule et les relier aux voies et à leurs gènes spécifiques. (je pense en images ici va donc.)
dataframe1 - données à partir d'un gène Affymetrix gène puce
, cellule-state1, état2-cellule ...
gene1, x1, y1 ,. ..
gene2, x2, y2, ...
gene.x, ... ...
"1" "gène" "log_b" "log_b_rich" "Fc_cdt_rich_tot" "fc_Etoh_CDT_tot_mono" « fc_Etoh_CDT_tot_poly "" fc_Etoh_CDT_mono_poly "" fc_Etoh_Rich_tot_mono "" fc_Etoh_Rich_tot_poly "" fc_Etoh_Rich_mono_poly " « 2 » « PHF13 » -2,712616698 -1,47923545 -0,791138043 -0,549610558 0,143808182 0,69341874 0,320812876 1,089260116 0,76844724
« 3 » « SPSB1 » -1,808348454 -1,965601198 -1,349135752 -0,780105329 0,410647447 1,190752776 0,587287796 1,260350195 0,673062399
dataframe2 - données de la KEGG db
pathway1, gène x1, x2 gène, ...
pathway2, le gène-y1, y2 gène, ...
pathway3, le gène-z1, ...
"1" "KEGG_GLYCOLYSIS_GLUCONEOGENESIS" "PHF13" "LDHB" "LDHA" "PGAM1" "ADH1C" "PGAM2" "ADH1B" "ADH1A" "ACSS2" "PDHB" "ACSS1" "PGAM4" "PDHA2" " PDHA1 "" LDHAL6B "" PFKL "" LDHAL6A "" FBP1 "" PFKP "" ALDH3B2 "" FBP2 "" PFKM "" ALDH3B1 "" PGM2 "" G6PC "" ALDH7A1 "" ALDH1B1 "" PKM2 "" PGM1 "" DLD " "PKLR" "ALDH9A1" "ALDOA" "ALDOC" "ALDOB" "ADH5" "HK2" "HK1" "ADH6" "ADH7" "ALDH3A2" "G6PC2" "ALDH3A1" "GALM" "TPI1" "AKR1A1" "ADH4 "" HK3 "" ALDH1A3 "" ENO2 "" ENO3 "" GAPDH "" ENO1 "" BPGM "" DLAT "" PCK2 "" PCK1 "" GPI "" GCK "" ALDH2 "" PGK1 "" PGK2 "
" 2 "" KEGG_CITRATE_CYCLE_TCA_CYCLE "" PHF13 "" OGDHL "" OGDH "" PDHB "" IDH3G "" LOC283398 "" IDH2 "" IDH1 "" PDHA2 "" PDHA1 "" SUCLA2 "" FH "" DLST "" ACO2 " "SUCLG2" "ACO1"
"PHF13" est mis en évidence pour montrer la pertinence dans chaque étape. Ce que je veux faire est de voir si 'cell-state1' (in) active différents gènes/voies de 'cell-state2.' En outre, je voudrais tester la corrélation (t-test et peut-être graphique) entre les états de cellules 1 Vs 2 pour les voies spécifiques.
Ma question est, quelles commandes ou méthode me permettraient de le faire le plus facilement/efficacement: fusionner ou en utilisant variable dummy?
HTH
Qu'est-ce qui est plus facile? Merge ou variables d'indicateur?
1
A
Répondre
0
Ce que je veux faire est, voir si 'cellule-state1' (in) active les voies différentes de gènes de 'cellules état2'.
Cela ressemble à ce dont vous avez besoin est une analyse factorielle. Vous pourriez demander aux bonnes personnes de statistics.stackexchange.com à ce sujet.
+0
Je ne crois pas que ma question soit nécessairement une statistique, mais une relationnelle. Peut-être que ma question pourrait être: «Comment puis-je montrer les données liées à une base de données et les relier à une autre. Je veux représenter graphiquement les données de l'état des cellules et les relier aux gènes et aux voies. – oaxacamatt
Questions connexes
- 1. Can TFS Merge est-il plus facile?
- 2. WPF: Qu'est-ce qui est plus facile à développer dynamiquement?
- 3. Qu'est-ce qui est plus facile à apprendre et déboguer OpenMP ou MPI?
- 4. Qui est plus facile de personnaliser et d'étendre sugarcrm ou Vtiger
- 5. qui est plus rapide? NSXMLParser ou KissXML
- 6. "vrai" ou vrai qui est plus approprié
- 7. Ce qui est plus rapide - $ a $ b ou "$ a $ b"
- 8. Est-il plus facile/plus rapide d'évaluer les sélecteurs CSS LTR ou RTL?
- 9. Est-il plus facile d'extraire ces données?
- 10. OpenId est-il plus facile ou plus difficile pour les utilisateurs?
- 11. qui est plus rapide?
- 12. Ce qui est plus rapide: tampon de sortie ou echo
- 13. Une manière plus facile ou mieux de le faire?
- 14. Git Merge: Que signifient les plus?
- 15. Qu'est-ce qui pourrait rendre cette dsl plus facile à taper ou à lire?
- 16. Ce qui est le plus rapide pour PHP pour traiter/plus facile de travailler avec PHP; XML ou JSON, et file_get_contents ou cURL?
- 17. Quel dictionnaire arborescent est le plus facile à implémenter fonctionnellement?
- 18. Plugins StructureMap - façon plus facile?
- 19. qui est plus rapide, sérialisation, ini ou XML
- 20. Rails3 ou Express.js? qui est plus efficace pendant le développement?
- 21. ce qui est plus rapide à lire, ASCII ou binaire?
- 22. Qui est plus rapide: $ (". Elt", $ this) ou $ this.find (". Elt") ;?
- 23. Ce qui est plus rapide, equalsIgnoreCase ou compareToIgnoreCase
- 24. En SVG, qui est plus léger: polygone ou chemin?
- 25. Qui est le plus populaire, Freemarker ou Velocity?
- 26. pour boucle ou boucle qui est plus rapide?
- 27. Ce qui est plus efficent PHP: array_intersect() OU array_intersect_key()
- 28. Qui est plus rapide, 'find -exec' ou 'find | xargs -0 '?
- 29. Regex.Replace, String.Replace ou StringBuilder.Replace qui est le plus rapide?
- 30. Qu'est-ce qui est le plus rapide? Dessin ou composition?
Veuillez reformuler votre question de manière à ce qu'elle devienne réellement un problème de programmation et que le problème soit clair (y compris la structure de vos données). Qu'est-ce que gene-x1, ... qu'est ce que l'état de cellule, ...? Donnez un exemple de jeu de données afin que nous ayons un indice. Voir aussi http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example –