r - diviser un fichier CSV en plusieurs fichiers txt

Question

Je dois diviser un grand fichier .csv, avec environ 9 colonnes et plus de 9 000 lignes, dans un fichier .txt distinct pour chaque ligne, et nommer chaque nouveau fichier par le nom dans sa première colonne.

par exemple. pour le fichier .csv:

01001_r1 32.4327 -86.6190 0.65 0.20 0.15 1.33 5.47 8 
01001_r2 32.4327 -86.6190 0.65 0.20 0.15 1.33 5.46 8 
01001_r3 32.4327 -86.6190 0.80 0.15 0.05 1.33 5.23 10 
01003_r1 30.4887 -87.6918 0.65 0.20 0.15 1.33 5.23 9 
01003_r2 30.4887 -87.6918 0.80 0.15 0.05 1.33 5.25 9 
01003_r3 30.4887 -87.6918 0.65 0.20 0.15 1.33 4.96 8 

je finirais avec 6 fichiers, avec une ligne chacun. Les colonnes du fichier de sortie doivent être séparées par des tabulations et le fichier ne doit pas contenir de noms de lignes ou de colonnes.

par exemple les fichiers de sortie devrait ressembler à ceci:

01001_r1 32.4327 -86.6190 0.65 0.20 0.15 1.33 5.47 8 

C'est là où je suis arrivé jusqu'ici:

#set 'working directory' 
setwd('C:/Users/Data/soils_data/sitesoil_in') 

#identify data frame from .csv file 
sd <- read.csv('site_soil.csv', sep="\t", header=F, fill=F) 

lapply(1:nrow(sd), function(i) write.csv(sd[i,], 
             file = paste0(sd[i,1], ".txt"), 
             row.names = F, header = F, 
             quote = F)) 

Et voici ce que je reçois pour chaque fichier de sortie:

nom de fichier: 01001_r1

V1,V2,V3,V4,V5,V6,V7,V8,V9 
01001_r1,32.4327,-86.619,0.65,0.2,0.15,1.33,5.47,8 

Je ne peux pas l'obtenir pour éliminer les noms des colonnes ou pour séparer les colonnes avec des onglets. J'ai essayé avec header = F, ou col.names = F pour éliminer les en-têtes, et sep = "\ t" pour séparer les colonnes mais il ne reconnaît pas les commandes.

J'apprécierais toute aide. Merci, E.

Après toutes les suggestions, voici le code plus simple qui ferait l'affaire:

#set 'working directory' 
setwd('C:/Users/Elena/Desktop/DayCent_muvp_MODEL/DayCent_SourceData/soils_data/sitesoil_in') 

#identify data frame from .csv file 
sd <- read.csv('site_soil.csv', sep="\t", header=F, fill=F) 

lapply(1:nrow(sd), 
     function(i) write.table(sd[i,], 
           file = paste0(sd[i,1], ".txt",collapse = ""), 
           row.names = FALSE, col.names = FALSE, 
           sep = "\t" 
     )) 

Merci à tous pour votre aide. E.

Answer 1

J'ajusté votre code:

lapply(1:nrow(sd), 
    function(i) write.table(sd[i,], 
          file = paste0(sd[i,1],".txt",collapse = ""), 
          row.names = FALSE, 
          sep = "\t" 
          )) 

Answer 2

Essayez cette

dat <-"01001_r1,32.4327,-86.6190,0.65,0.20,0.15,1.33,5.47,8 
01001_r2,32.4327,-86.6190,0.65,0.20,0.15,1.33,5.46,8 
01001_r3,32.4327,-86.6190,0.80,0.15,0.05,1.33,5.23,10 
01003_r1,30.4887,-87.6918,0.65,0.20,0.15,1.33,5.23,9 
01003_r2,30.4887,-87.6918,0.80,0.15,0.05,1.33,5.25,9 
01003_r3,30.4887,-87.6918,0.65,0.20,0.15,1.33,4.96,8 
" 


df <- read.delim(file = textConnection(dat), sep = ',', header = FALSE) 

df 
#   V1  V2  V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 
# 1 01001_r1 32.4327 -86.6190 0.65 0.20 0.15 1.33 5.47 8 
# 2 01001_r2 32.4327 -86.6190 0.65 0.20 0.15 1.33 5.46 8 
# 3 01001_r3 32.4327 -86.6190 0.80 0.15 0.05 1.33 5.23 10 
# 4 01003_r1 30.4887 -87.6918 0.65 0.20 0.15 1.33 5.23 9 
# 5 01003_r2 30.4887 -87.6918 0.80 0.15 0.05 1.33 5.25 9 
# 6 01003_r3 30.4887 -87.6918 0.65 0.20 0.15 1.33 4.96 8 

output_file_base <- "soil_" 
output_file_ext <- ".tsv" 

for(i in seq(nrow(df))){ 
    output_file <- paste0(output_file_base, as.character(i), output_file_ext) 
    dfi <- df[i, ] 
    write.table(x = dfi, file = output_file, sep = '\t', quote = FALSE, col.names = FALSE, row.names = FALSE) 
} 

Sortie:

$ cat soil_6.tsv 
01003_r3 30.4887 -87.6918 0.65 0.2 0.15 1.33 4.96 8 

Answer 3

Cela peut fonctionner pour ce que vous essayez d'accomplir.

df <-read.csv(text = "01001_r1,32.4327,-86.6190,0.65,0.20,0.15,1.33,5.47,8 
01001_r2,32.4327,-86.6190,0.65,0.20,0.15,1.33,5.46,8 
01001_r3,32.4327,-86.6190,0.80,0.15,0.05,1.33,5.23,10 
01003_r1,30.4887,-87.6918,0.65,0.20,0.15,1.33,5.23,9 
01003_r2,30.4887,-87.6918,0.80,0.15,0.05,1.33,5.25,9 
01003_r3,30.4887,-87.6918,0.65,0.20,0.15,1.33,4.96,8", 
stringsAsFactors = FALSE, 
header = FALSE) 


apply(df, 1, function(x){write.table(t(x), 
            file = paste0(x[1],".txt"), 
            sep = "\t", 
            quote = FALSE, 
            col.names = FALSE, 
            row.names = FALSE)})