transformation des données de cytométrie de flux en utilisant flowCore?

Question

Je veux savoir si quelqu'un sait comment faire la transformation du canal 4 (FLH 4) sans utiliser l'offre de transformation standard du paquet flowCore?

Les valeurs du canal quatre sont comprises entre 1 et 4096 et j'ai besoin de convertir en valeurs entre 1 et 246 avec la règle 10^(x/1024).

Merci.

Answer 1

vous pourriez obtenir une transformation personnalisée en en faisant quelque chose comme ..

terrain (transformation (someFlowFrame, FSC-H = 10^(FSC-H/1024), SSC-H = 10^(SSC-H/1024)), c ("FSC-H", "SSC-H"))

cependant que 10^(4096/1024) renvoie une valeur maximale de 10 000 pour votre exemple hypothétique, le terrain avec les gammes -

tracé (transform (someFlowFrame, FSC-H = 10^(FSC-H/1024), SSC-H = 10^(SSC-H/1024)), c ("FSC-H", "SSC-H"), xlim = c (0,256), ylim = c (0,256))

ne semble pas bon.

Answer 2

Mieux utiliser la transformation flowTrans mclMultivArcSinh.

trans<-flowTrans(flowData, "mclMultivArcSinh",colnames(flowData)[3:12], n2f=FALSE, parameters.only=FALSE) 

Vous ne devez pas Tranform FSC-A, SSC-A et le temps est pourquoi j'ai colnames [3:12].