R segfault lors de l'exécution via Rpy sur Linux

Question

Je cours R via Rpy sur une distribution redhat linux. Régulièrement, je vais rencontrer ce message d'erreur:

*** caught segfault *** 
address (nil), cause 'unknown' 

Et tout le programme meurt là. Cela se produit généralement quand je cours beaucoup de régression r.lm(). Mais en exécutant simplement le code identique à nouveau, le problème peut ou ne peut pas disparaître (donc pas toujours reproductible). Est-ce que quelqu'un sait ce qui pourrait causer cela, et/ou comment je peux l'empêcher de se produire?

Answer 1

Il existe quelques possibilités.

1. Le problème est avec le code R. Pour tester cela, exécutez le code dans R lui-même et voir si vous pouvez répliquer le problème.

2. Le problème est avec Rpy. Exécutez le programme dans un débogueur et voyez exactement ce que vous passez de Python à R et de R à Python. Au hasard, vous avez une sorte de discordance variable qui ne se produit que dans certaines conditions.

3. Le problème est lié à l'environnement. Est-ce que d'autres logiciels doivent être chargés pour que le programme s'exécute? Cela fonctionne-t-il une fois puis échoue lorsque vous l'exécutez à nouveau? (Peut-être vous ne fermez pas une connexion à un dossier?) Est-ce qu'il échoue sur les machines d'autres personnes ou juste les vôtres?

4. Le problème provient des données. Générez-vous aléatoirement quelque chose? Cela expliquerait la nature intermittente du problème.

Si vous êtes toujours bloqué, lisez tips on debugging.