Points de données au-dessus de barplots complexes dans le logiciel R

Question

J'ai cette fausse trame de données. Je regarde une vectorisation plus rapide pour ajouter des points de données sur le barplot des moyennes. Ma solution serait difficile à appliquer lorsque de nombreuses colonnes sont présentes. Mon problème est que seul un vecteur et non une matrice est autorisé dans les fonctions "points". Avez-vous une solution intelligente?

df <- data.frame(Test = 1:5, 
    Factor= c("A","A","B","B","A"), 
    V1=c(3.2,5.4,6.0,6.5,2), 
    V2=c(5,5,8.6,7,1)) 

str(df, list.len=ncol(df)) 
colnames(df) 
dim(df) 

df.agg <- aggregate(df[c(3,4)], by = list(Factor = df$Factor), mean) 
df.agg <- df.agg[order(df.agg$Factor),] 
df.agg 

mat.agg <- as.matrix(df.agg[c(2,3)]) 

barx <- barplot(mat.agg, 
     beside = T, 
     ylim = c(0, 1.3*max(mat.agg)), 
     col = colors()[c(5,16)][df.agg$Factor], 
     legend.text = as.character(df.agg$Factor)) 
barx 
barx <- as.vector(barx) 
barx 

points(
    rep(barx[1], length(df[df$Factor == levels(df$Factor)[1], "V1"])), 
    df[df$Factor == levels(df$Factor)[1], "V1"]) 

points(
    rep(barx[2], length(df[df$Factor == levels(df$Factor)[2], "V1"])), 
    df[df$Factor == levels(df$Factor)[2], "V1"]) 

points(
    rep(barx[3], length(df[df$Factor == levels(df$Factor)[1], "V2"])), 
    df[df$Factor == levels(df$Factor)[1], "V2"]) 

points(
    rep(barx[4], length(df[df$Factor == levels(df$Factor)[2], "V2"])), 
    df[df$Factor == levels(df$Factor)[2], "V2"]) 

Answer 1

Vous pouvez essayer d'utiliser le tidyverse:

library(tidyverse) 
df %>% 
    gather(key, value, -Test, -Factor) %>% 
    ggplot(aes(x = key, y = value, fill=Factor)) + 
    geom_bar(stat = "summary", fun.y = "mean",position = "dodge") + 
    geom_point(position=position_dodge(0.9)) 

dans la base R je ferais:

library(reshape2) 
df_wide <- melt(df[,-1]) # make your data wide 
df_wide <- df_wide[ order(df_wide$variable,df_wide$Factor),] # order appropriate 
# add the x-positions using interaction 
df_wide$X <- barx[as.numeric(interaction(df_wide$Factor, df_wide$variable))] 
# add the points to the bars 
points(df_wide$X, df_wide$value)