biomart

2La chaleur

2Répondre

Impossible d'utiliser package biomaRt pour obtenir des symboles de gène d'ID ENTREZ

J'utilise le code suivant pour récupérer des symboles de gène d'ID ENTREZ: library("biomaRt") ensembl <- useMart("ENSEMBL_MART_ENSEMBL", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", host = "www.ensembl.org")

r bioinformatics bioconductor biomart 2016-07-08

---

1La chaleur

1Répondre

Remplacement des noms de colonne dans une trame de données par des lignes d'une autre trame si la ligne adjacente correspond

J'essaie de remplacer les noms de colonnes d'une trame de données par les valeurs d'une autre trame de données. head(df1) ensembl_gene_id mgi_symbol ENSMUSG00000021252 0610007P14Rik ENSMUSG000000

r bioinformatics biomart 2017-06-25

---

0La chaleur

2Répondre

ID de GEncode Convertir Ensembl - Ranged SummarizedExperiment

J'ai une matrice définie par l'expression des rownames étant ce que je pense est un ID GENCODE dans le format par exemple « ENSG00000000003.14 » « ENSG00000000457.13 » « ENSG00000000005.5 " etc. Je vo

r annotations biomart 2017-07-03

---

1La chaleur

1Répondre

Annoter des positions en utilisant biomaRt

J'ai quelques positions de génome et je veux annoter ces positions (trouver l'identification de gène d'Ensembl, les dispositifs comme exonic, intronic, ...) basé sur Ensembl utilisant le paquet biomaR

r bioinformatics bioconductor biomart 2016-02-23

---

0La chaleur

1Répondre

récupérer l'emplacement SNP dans biomaRt, commande bloque

J'essayais de récupérer des informations sur un emplacement SNP. J'ai essayé de suivre les instructions d'une réponse de ce site, mais la commande ne fonctionne plus: library(biomaRt) # biomaRt_2.30.0

r biomart 2017-10-12

---

0La chaleur

1Répondre

Obtenir l'emplacement du gène à partir du symbole de gène et ID

Je veux obtenir l'emplacement du gène du génome humain à partir du symbole du gène (exemple: TTN) et l'identification du gène (exemple: ENSG00000155657). Je veux le faire en utilisant biomaRt paquet d

r biomart 2017-08-28

---

0La chaleur

1Répondre

Comment utiliser la base de données du gène NCBI dans le paquet biomaRt R

Je ne suis pas très expert en R mais j'essaie d'apprendre à utiliser le paquet biomaRt pour trouver des gènes localisés dans mes régions d'intérêt. J'ai réussi à produire une sortie valide en utilisan

r ncbi biomart 2017-07-18

---