passer la liste comme argument si rpy2

Question

J'utilise la fonction spi de R en Python. L'un des arguments ("kernel") nécessite une liste, et je ne suis pas sûr de savoir comment le transmettre lors de l'utilisation de rpy2. La syntaxe de R serait la suivante (avec l'argument "noyau"):

library("lmomco", lib.loc="~/lib/R_libs") 
library("SPEI", lib.loc="~/lib/R_libs") 

data = read.csv("rainfall_data.csv", header = FALSE) 
result = spi(data, scale=10, distribution='Gamma', fit='max-lik', kernel = list(type='rectangular', shift=0)) 

script Python Ma jusqu'à présent (sans en utilisant l'argument "noyau") est la suivante:

import numpy as np 
from rpy2.robjects.packages import importr 
importr('lmomco') 
SPEI = importr('SPEI') 

import rpy2.robjects.numpy2ri as numpy2ri 
numpy2ri.activate() 

data = np.genfromtxt('rainfall_data.csv', delimiter=',') 

result = np.array(SPEI.spi(data, scale=10, distribution='Gamma', fit='max-lik')[1]) 

Comment passer le noyau comme une liste pour rpy2?

Answer 1

Envisager de créer un ListVector à partir d'un dictionnaire python, puis passer dans la méthode:

import rpy2.robjects as robjects 
... 
x = robjects.ListVector({'type': 'rectangular', 'shift': 0}) 

result = np.array(SPEI.spi(data, scale=10, distribution='Gamma', fit='max-lik', kernel=x)[1])