En utilisant gsub pour un nombre entre deux personnages

Question

je fichiers comme suit:

HNRNPF-human_SRA:SRR4421749_1_ENCFF938GRX.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_1_ENCFF187PBG.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz 
HNRNPK-human_SRA:SRR3469488_2_ENCFF267TVR.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_1_ENCFF588WPC.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF550GXB.fastq.gz 

et je voudrais les réétiqueter à:

HNRNPF-human_SRA:SRR442174_ENCFF938GRX.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF187PBG.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz 
HNRNPK-human_SRA:SRR3469488_ENCFF267TVR.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF588WPC.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF550GXB.fastq.gz 

-à-dire que je supprimer le numéro entre deux « _ » , je l'ai essayé différentes commandes comme gsub division, mais je ne pouvais en commande Split:

name=U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz 
    echo $name | awk '{split($0, arr, "[__]"); print arr[3]}' 

Answer 1

awk solution. Cela va faire:

$ awk -F_ -v OFS=_ '{print $1,$2,$4}' file 
HNRNPF-human_SRA:SRR4421749_ENCFF938GRX.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF187PBG.fastq.gz 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz 
HNRNPK-human_SRA:SRR3469488_ENCFF267TVR.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF588WPC.fastq.gz 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF550GXB.fastq.gz 

Answer 2

Pour supprimer tous les _<digit>_ de vos cordes (les remplacer par _), un simple substitut sed fera:

$ sed 's/_[0-9]_/_/g' file 

Answer 3

En utilisant awk:

$ name="U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz" 
$ awk 'sub(/_[0-9]+_/,"_")' <<<"$name" 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz 

Pour enregistrer dans la variable:

$ myvar=$(awk 'sub(/_[0-9]+_/,"_")' <<<"$name") 
$ echo "$myvar" 

OU substitution de chaîne Bash

$ name="U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz" 
$ echo "${name/_[0-9]*_/_}" 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz