Enregistrement d'une trame de données en tant que fichier binaire

Question

Je souhaite enregistrer tout un tas de trames de données relativement volumineuses tout en minimisant l'espace occupé par les fichiers. Lors de l'ouverture des fichiers, je dois pouvoir contrôler les noms qui leur sont donnés dans l'espace de travail.

Fondamentalement, je cherche les symantics de dput et dget mais avec des fichiers binaires.

Exemple:

n<-10000 

for(i in 1:100){ 
    dat<-data.frame(a=rep(c("Item 1","Item 2"),n/2),b=rnorm(n), 
     c=rnorm(n),d=rnorm(n),e=rnorm(n)) 
    dput(dat,paste("data",i,sep="")) 
} 


##much later 


##extract 3 random data sets and bind them 
for(i in 1:10){ 
    nums<-sample(1:100,3) 
    comb<-rbind(dget(paste("data",nums[1],sep="")), 
      dget(paste("data",nums[2],sep="")), 
      dget(paste("data",nums[3],sep=""))) 
    ##do stuff here 
} 

Answer 1

Votre meilleur pari est d'utiliser des fichiers rda. Vous pouvez utiliser les save() et load() commandes pour écrire et lire:

set.seed(101) 
a = data.frame(x1=runif(10), x2=runif(10), x3=runif(10)) 

save(a, file="test.rda") 
load("test.rda") 

Edit: Pour être complet, juste pour couvrir ce que la suggestion de Harlan pourrait ressembler (c.-à-enroulant la commande de charge pour renvoyer la trame de données):

loadx <- function(x, file) { 
    load(file) 
    return(x) 
} 

loadx(a, "test.rda") 

---

Sinon, jetez un oeil à la hdf5, les paquets RNetCDF et NCDF. J'ai expérimenté avec le hdf5 package dans le passé; cela utilise the NCSA HDF5 library. Il est très simple:

hdf5save(fileout, ...) 
hdf5load(file, load = TRUE, verbosity = 0, tidy = FALSE) 

Une dernière option consiste à utiliser des connexions de fichiers binaires, mais cela ne fonctionne pas bien dans votre cas parce que readBin et writeBin prennent en charge que des vecteurs:

Voici un exemple trivial. Tout d'abord écrire des données avec « w » et ajouter « b » à la connexion:

zz <- file("testbin", "wb") 
writeBin(1:10, zz) 
close(zz) 

lire ensuite les données avec « r » et ajouter « b » à la connexion:

zz <- file("testbin", "rb") 
readBin(zz, integer(), 4) 
close(zz) 

Answer 2

Vous pouvez jetez un oeil à saveRDS et readRDS. Ce sont des fonctions de sérialisation.

x = data.frame(x1=runif(10), x2=runif(10), x3=runif(10)) 

saveRDS(x, file="myDataFile.rds") 
x <- readRDS(file="myDataFile.rds")